В контексте климатических изменений актуальны оценка микробиологической активности как индикатора состояния мерзлотных ландшафтов Якутии и пополнение недостатка банка данных о микробиологических процессах, происходящих в мерзлых отложениях. Проведен сравнительный анализ деятельного, защитного слоев и многолетнемерзлых пород участков с развитым ледовым комплексом на межаласье в местности Нелегер и аласе в местности Кыччыма методом субстрат-индуцированного дыхания. Установлено, что в межаласье Нелегер многолетнемерзлые породы служат резервуаром органического углерода и жизнеспособных микроорганизмов, что подтверждается высокой интенсивностью потенциального дыхания (до 16,47 мкл СО2 г–1 ⋅ч–1) и сильной корреляцией с базальным дыханием, отражающей равновесное функционирование микробного сообщества. На аласе Кыччыма выявлено истощение доступного органического углерода и снижение метаболизма микробиоты, проявляющееся в низких значениях потенциального дыхания (0,48–0,79 мкл СО2 г–1 ⋅ч–1) и слабых корреляционных связях. Полученные результаты свидетельствуют, что потенциальное и базальное дыхание являются диагностическими признаками деградации вечной мерзлоты. Данные применимы для разработки региональных микробиологических индикаторов устойчивости или нестабильности мерзлотных ландшафтов.