Научный архив: статьи

Было проведено исследование 1840 образцов мокроты от больных с внебольничными пневмониями бактериологическим методом и с помощью масс-спектрометрического анализа. Анализ микробиологического пейзажа у больных с внебольничной пневмонией показал, что, наряду с традиционными возбудителями, в клинически значимых количествах появляются ранее редко выявляемые условно-патогенные бактерии, которые могут затруднять этиотропную терапию. Полученные данные поднимают важную проблему о необходимости ведения постоянного контроля за появлением и распространением новых видов микроорганизмов, которые плохо поддаются идентификации и слабо отвечают на антибактериальную терапию.

Francisella tularensis – этиологический агент туляремии, инфекционного заболевания человека, грызунов и зайцеообразных. F. tularensis включает четыре подвида (tularensis, holarctica, mediasiatica и novicida), которые различаются по своей патогенности и приуроченности к ландшафтно-географическим зонам. Несмотря на различия, штаммы F. tularensis проявляют очень ограниченное генетическое разнообразие, что затрудняло разработку полезных инструментов для изучения эпидемиологии патогена. Одним из первых инструментов дифференциации штаммов возбудителя туляремии стал метод VNTR. В дальнейшем развитие методов полногеномного секвенирования (WGS) способствовало созданию методов типирования бактерий с помощью анализа геномных SNP (single nucleotide polymorphism). В настоящее время для генотипирования микроорганизмов все чаще применяются иерархические методы дифференциации, основанные на MLVA и SNP-анализе. Целью исследования является статистический анализ корреляции результатов MLVA и SNP-типирования для выявления генетического разнообразия штаммов двух подвидов – F. tularensis subsp. holarctica и mediasiatica. Сравнительный анализ UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean) дендрограмм методом танглеграмм позволил оценить согласованность кластеризации данных, полученных при разных способах генотипирования 31 штамма подвида holarctica. Коэффициент корреляции (BGI) составил 0,76, что означает сильную корреляцию разных методов кластеризации. Для 59 штаммов подвида mediasiatica BGI оказался равен 0,89 и приближен к показателю очень сильной корреляции. Корреляция согласованности кластеризации генотипов для обоих методов находится в пределах от сильной до очень сильной, что дает возможность их использования в иерархической схеме генотипирования штаммов F. tularensis двух изученных подвидов. Метод танглеграмм впервые применен для сравнительной оценки результатов генотипирования выборки штаммов возбудителя туляремии двух подвидов (holarctica и mediasiatica) методами MLVA и SNP-типирования.