Одной из ключевых проблем муниципальной реформы является исходное видение муниципально-территориального устройства как способа управления административными образованиями (городами, поселениями, районами), а не как способа развития экономического потенциала территорий, что негативно отражается на эффективности регионального стратегического планирования и достижении целей национальных арктических программ, является барьером для устойчивого инновационного социально-экономического развития и существенного улучшения качества жизни населения. В статье показана возможность использования системно- агломерационного подхода для совершенствования муниципально-территориального устройства (МТУ) регионов Российской Арктики в соответствии с целями устойчивого инновационного социально-экономического развития. В рамках предложенной авторской модели индустриального кластера на основании исторического, социально- экономического и системно-агломерационного анализа кластерного потенциала определены примерные границы естественно формирующихся макроагломераций (МА) на примере территорий Ямало-Ненецкого автономного округа (ЯНАО): Западная МА, Северо-Восточная МА и Юго-Восточная МА. Теоретическими результатами исследования являются: 1) авторская модель индустриального кластера, выделяющая базовые элементы и элементы управления кластером; 2) методика выявления первичных признаков естественно образующихся МА по базовым элементам авторской модели; 3) соответствующая технология и процедура комплексного анализа с учетом специфики арктических регионов. Данные инструменты могут быть применены для совершенствования муниципальной системы управления и региональной социально-экономической политики регионов России в целях повышения регионального потенциала в достижении национальных стратегических показателей. В заключении сформулированы практические рекомендации по приведению МТУ ЯНАО в соответствие с формирующимися МА в целях достижения синергетического эффекта социально-экономического и инновационного развития территорий.