Сложности в изучении таксономической структуры кавказских дубов при высоком морфологическом разнообразии и распространенной гибридизации определяют важность молекулярно-генетических исследований видов Quercus в регионе. Межвидовая и внутривидовая структура генетической изменчивости была впервые изучена у близкородственных робуроидных дубов крымско-кавказского региона с помощью 18 ядерных микросателлитных локусов (nSSR). Исследовались семь наиболее распространённых в регионе таксонов пяти видов (Q. robur, Q. hartwissiana, Q. pubescens, Q. macranthera и три подвида Q. petraea) из разных частей Северного Кавказа, Закавказья, Крыма и северо-восточной Европы. Проведен анализ 1240 образцов из 85 выборок. Большинство таксонов были впервые исследованы с помощью nSSR маркеров. Показана эффективность использования микросателлитных локусов для идентификации робуроидных дубов крымско-кавказского региона и исследования процессов гибридизации. Генетическая кластеризация образцов соответствовала таксономической идентификации на основе морфологических признаков. Впервые на основе генетических данных предполагается видовой статус для дуба известнякового (Q. petraea subsp. medwediewii (A. Camus) Menitsky). При этом предположение о возможном гибридном происхождении дуба известнякового в результате гибридизации Q. petraea и Q. pubescens не подтверждается. Показана близость друг к другу «длинноплодоножковых» робуроидных дубов (Q. robur, Q. hartwissiana) при большей степени отличий от других видов. Исследовано распределение таксонов в крымско-кавказском регионе, доля разных таксонов и их гибридов в популяциях. Между двумя подвидами дуба скального Q. petraea subsp. petraea и Q. petraea subsp. iberica на Западном Кавказе наблюдается зона интрогрессии. В районах совместного произрастания нескольких видов выявлена определенная степень межвидовой гибридизации. Однако четкая дифференциация видов по ядерным маркерам даже в симпатрических популяциях показывает ограниченность интрогрессии близких видов дуба на Кавказе и в Крыму.