Цель исследования состоит в обосновании необходимости применения гибкого проектного управления межрегиональным взаимодействием, в котором одним из основных факторов являются университеты. Реалии современности диктуют необходимость укрепления научного и инновационного потенциала, внося значительные корректировки в устоявшиеся модели кооперации между странами. Курс на автаркию и задачи по укреплению технологического суверенитета, направленные на аккумулирование внутренних ресурсов, провоцируют на поиск новых решений, прежде всего в сфере науки и образования. В этом ключе в статье рассмотрены основные тенденции в образовательной среде именно высших учебных заведений, как центров изобретательской активности и подготовки высококвалифицированных кадров. Выявлено, что количество университетов имеет динамику снижения, однако по большей части это связано с оптимизацией и повышением качества обучения. Также рассмотрены государственные программы, направленные на развитие университетов, самой масштабной из которых является «Приоритет-2030». Авторы рассматривают регионы РФ и соотносят их с уровнем инновационного развития и количеством университетов - участников программы, из чего делается вывод, что субъекты, в которых присутствует превалирующее большинство университетов, более инновационно развитые. Одной из задач программы «Приоритет-2030» является расширение сетевого взаимодействия, которое предполагает межрегиональное сотрудничество. Однако анализ, проведенный в статье, указывает, что формы межрегионального взаимодействия между вузами не проработаны в достаточной степени. Одним из решений данной проблемы является разработка совместных исследовательских или образовательных проектов, при этом появляется большое количество задач, которые в процессе реализации проектов нуждаются в корректировке в соответствии с основными трендами и изменчивостью внешней среды.