Не только в становлении науки Нового времени, но и в формировании новой философии, покоящейся на научных основаниях, огромную роль сыграли великие мыслители XVII в. Противопоставив характерному для средневекового сознания фидеизму, преклонению перед авторитетами и догматизму свободное, непредубеждённо исследование и требование представить все вопросы на нелицеприятный суд разума, Декарт нанес тяжелый удар традиционному образу мышления и положил начало тому процессу, который в следующем веке привел к бурному развитию материалистических и атеистических идей.
Но, подняв знамя борьбы за права разума, он объявил источником достоверного знания интеллектуальную интуицию и дедукцию. Убежденный во всемогуществе чистого умозрения, он создал систему, исполненную двойственности: идеалистическая метафизика сочетается в ней с материалистической физикой, а научный метод исследования — с попыткой рационально обосновать коренные положения религии.
Эти черты в большей или меньшей степени характерны и для систем, которые вслед за Декартом построили Мальбранш, Лейбниц, Вольф. Среди создателей рационалистических систем XVII в. только Спиноза занял антирелигиозную, а в сущности атеистическую позицию. Он отверг дуализм Декарта и в основу своей системы положил материалистический монизм.