ISSN 2500-1027

· Языки: ru / en

Статья: Метагеномный анализ клинических образцов, выделенных во время вспышки микоплазменной пневмонии в России в период с ноября 2023 г. по февраль 2024 г. (2025)

Читать

Читать онлайн

Инфекции нижних дыхательных путей являются одной из наиболее частых причин смерти в мире. Они могут быть ассоциированы с широким спектром бактериальных, вирусных или грибковых патогенов. Одним из актуальных возбудителей пневмонии является Mycoplasmoides pneumoniae.

Применение наряду с традиционными методами диагностики новых комплексных подходов к анализу клинических образцов, таких как метагеномные исследования, позволяет изучать совокупность патогенов, проводить их генотипирование, устанавливать наличие факторов вирулентности и резистентности.

В данной работе исследованы 464 клинических образца, полученных от пациентов с микоплазменной пневмонией во время вспышки на территории Российской Федерации в период с ноября 2023 г. по февраль 2024 г. Наличие возбудителя M. pneumoniae подтверждено во всех образцах методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Большинство пациентов составляли дети (n = 449), медианный возраст – 12 лет, межквартильный размах – от 10 до 15 лет.

Метагеномный и филогенетический анализы позволили идентифицировать геновариант M. pneumoniae – сиквенстип ST3, относящийся к международному клональному комплексу CC1.

SNP-анализ собранных полных геномов изучаемых образцов M. pneumoniae не выявил мутаций a2063g и/или a2064g в последовательности гена 23S рРНК, наличие которых ассоциировано с устойчивостью патогена к макролидам. Таким образом, можно предположить, что микоплазмы, содержащиеся в образцах, чувствительны к макролидам.

Ключевые фразы: mycoplasma, микоплазменная пневмония, метагеномное секвенирование

Автор (ы): Лебедева Анастасия Юрьевна (Lebedeva A. Y.), Фурсов Михаил Васильевич (Fursov M. V.), Абаимова Алёна Алексеевна (Abaimova A. A.), Кисличкина Ангелина Александровна (Kislichkina A. A.), Сизова Анжелика Алексеевна (Sizova A. A.), Волков Даниил Владимирович (Volkov D. V.), Фурсова Надежда Константиновна (Fursova N. K.), Храмов Михаил Владимирович (Hramov M. V.), Дятлов Иван Алексеевич (Dyatlov I. A.)

Журнал: БАКТЕРИОЛОГИЯ

Предпросмотр статьи

Идентификаторы и классификаторы

SCI: Биология
УДК: 57. Биологические науки

Для цитирования:

ЛЕБЕДЕВА А. Ю., ФУРСОВ М. В., АБАИМОВА А. А., КИСЛИЧКИНА А. А., СИЗОВА А. А., ВОЛКОВ Д. В., ФУРСОВА Н. К., ХРАМОВ М. В., ДЯТЛОВ И. А. МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ КЛИНИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ ВО ВРЕМЯ ВСПЫШКИ МИКОПЛАЗМЕННОЙ ПНЕВМОНИИ В РОССИИ В ПЕРИОД С НОЯБРЯ 2023 Г. ПО ФЕВРАЛЬ 2024 Г. // БАКТЕРИОЛОГИЯ. 2025. № 4, ТОМ 10

Текстовый фрагмент статьи

Моя история просмотров (6)

01. Статья: О СТРУКТУРЕ ТОНАЛЬНОГО АКЦЕНТА В РУССКИХ ГОВОРАХ... С "ПОСЛОВНЫМ" МЕЛОДИЧЕСКИМ ОФОРМЛЕНИЕМ

02. Книга: Нефтепромысловая геология и гидрогеология

03. Книга: Новый большой англо-русский гидрологический словарь

04. Книга: Что знает история об Иисусе Христе

05. Книга: Курс физики почв

06. Книга: Нефтегазопоисковая гидрогеология

Будьте первым, кто начнет обсуждение

Если у вас возникли вопросы или появились предложения по содержанию статьи, пожалуйста, направляйте их в рамках данной темы.

Создать тему для обсуждения

Список литературы

1. Jiang Z, Li S, Zhu C, Zhou R, Leung PHM. Mycoplasma pneumoniae Infactions: Pathogenesis and Vaccine Development. Pathogens. 2021 Jan 25;10(2):119. DOI: 10.3390/pathogens10020119
2. He J, Liu M, Ye Z, Tan T, Liu X, You X, et al. Insights into the pathogenesis of Mycoplasma pneumoniae (Review). Mol Med Rep. 2016 Nov;14(5):4030-4036. DOI: 10.3892/mmr.2016.5765
3. Waites KB, Xiao L, Liu Y, Balish MF, Atkinson TP. Mycoplasma pneumoniae from the Respiratory Tract and Beyond. Clin Microbiol Rev. 2017 Jul;30(3):747-809. DOI: 10.1128/CMR.00114-16
4. Gupta RS, Sawnani S, Adeolu M, Alnajar S, Oren A. Phylogenetic framework for the phylum Tenericutes based on genome sequence data: proposal for the creation of a new order Mycoplasmoidales ord. nov., containing two new families Mycoplasmoidaceae fam. nov. and Metamycoplasmataceae fam. nov. harbouring Eperythrozoon, Ureaplasma and five novel genera. Antonie Van Leeuwenhoek. 2018 Sep;111(9):1583-1630. DOI: 10.1007/s10482-018-1047-3
5. Wang X, Li M, Luo M, Luo Q, Kang L, Xie H, et al. Mycoplasma pneumoniae triggers pneumonia epidemic in autumn and winter in Beijing: a multicentre, population-based epidemiological study between 2015 and 2020. Emerg Microbes Infect. 2022 Dec;11(1):1508-1517. DOI: 10.1080/22221751.2022.2078228
6. Yan C, Xue GH, Zhao HQ, Feng YL, Cui JH, Yuan J. Current status of Mycoplasma pneumoniae infection in China. World J Pediatr. 2024 Jan;20(1):1-4. DOI: 10.1007/s12519-023-00783-x
7. Hu J, Ye Y, Chen X, Xiong L, Xie W, Liu P. Insight into the Pathogenic Mechanism of Mycoplasma pneumoniae. Curr Microbiol. 2022 Dec 2;80(1):14. DOI: 10.1007/s00284-022-03103-0
8. Bajantri B, Venkatram S, Diaz-Fuentes G. Mycoplasma pneumoniae: A Potentially Severe Infection. J Clin Med Res. 2018 Jul;10(7):535-544. DOI: 10.14740/jocmr3421w
9. Sun H, Xue G, Yan C, Li S, Cao L, Yuan Y, et al. Multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis of Mycoplasma pneumoniae clinical specimens and proposal for amendment of MLVA nomenclature. PLoS One. 2013 May 30;8(5):e64607. DOI: 10.1371/journal.pone.0064607
10. Meyer Sauteur PM, Beeton ML; European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Study Group for Mycoplasma and Chlamydia Infections (ESGMAC), and the ESGMAC Mycoplasma pneumoniae Surveillance (MAPS) study group. Mycoplasma pneumoniae: delayed re-emergence after COVID-19 pandemic restrictions. Lancet Microbe. 2024 Feb;5(2):e100-e101. DOI: 10.1016/S2666-5247(23)00344-0
11. Tahmasebi H, Babaeizad A, Mohammadlou M, Alibabaei F, Banihashemian SZ, Eslami M. Reemergence of Mycoplasma pneumoniae disease: Pathogenesis and new approaches. Microb Pathog. 2024 Nov;196:106944. DOI: 10.1016/j.micpath.2024.106944
12. Bradley JS, Byington CL, Shah SS, Alverson B, Carter ER, Harrison C, et al. Pediatric Infectious Diseases Society and the Infectious Diseases Society of America. The management of community-acquired pneumonia in infants and children older than 3 months of age: clinical practice guidelines by the Pediatric Infectious Diseases Society and the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 2011 Oct;53(7):e25-76. DOI: 10.1093/cid/cir531
13. Kawai Y, Miyashita N, Kubo M, Akaike H, Kato A, Nishizawa Y, et al. Nationwide surveillance of macrolide-resistant Mycoplasma pneumoniae infection in pediatric patients. Antimicrob Agents Chemother. 2013 Aug;57(8):4046-9. DOI: 10.1128/AAC.00663-13
14. Yan C, Sun H, Zhao H, Feng Y, Xue G, Li S. Epidemiological characteristics of Mycoplasma pneumoniae infection in hospitalized children in Beijing: 10-year retrospective analysis. Chin J Appl Clin Pediatr. 2019;34:1211-1214. ISSN.2095-428X.2019.16.004. DOI: 10.3760/CMA.J
15. Kim K, Jung S, Kim M, Park S, Yang HJ, Lee E. Global Trends in the Proportion of Macrolide-Resistant Mycoplasma pneumoniae Infections: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Netw Open. 2022 Jul 1;5(7):e2220949. DOI: 10.1001/jamanetworkopen.2022.20949
16. Alcolea-Medina A, Alder C, Snell LB, Charalampous T, Aydin A, Nebbia G, et al. Unified metagenomic method for rapid detection of microorganisms in clinical samples.Commun Med (Lond). 2024 Jul 7;4(1):135. DOI: 10.1038/s43856-024-00554-3
17. Ando M, Morozumi M, Adachi Y, Ubukata K, Iwata S. Multilocus Sequence Typing of Mycoplasma pneumoniae, Japan, 2002-2016. Emerg Infect Dis. 2018 Oct;24(10):1895-1901. DOI: 10.3201/eid2410.171194
18. Lee JK, Seong MW, Shin D, Kim JI, Han MS, Yeon Y, et al.Comparative genomics of Mycoplasma pneumoniae isolated from children with pneumonia: South Korea, 2010-2016. BMC Genomics. 2019 Nov 29;20(1):910. DOI: 10.1186/s12864-019-6306-9
19. Hsieh YC, Li SW, Chen YY, Kuo CC, Chen YC, Chang IY, et al. Global Genome Diversity and Recombination in Mycoplasma pneumoniae. Emerg Infect Dis. 2022 Jan;28(1):111-117. DOI: 10.3201/eid2801.210497
20. Bolluyt DC, Euser SM, Souverein D, van Rossum AM, Kalpoe J, van Westreenen M, et al. Increased incidence of Mycoplasma pneumoniae infections and hospital admissions in the Netherlands, November to December 2023. Euro Surveill. 2024 Jan;29(4):2300724. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.4.2300724
21. Gong C, Huang F, Suo L, Guan X, Kang L, Xie H, et al. Increase of respiratory illnesses among children in Beijing, China, during the autumn and winter of 2023. Euro Surveill. 2024 Jan;29(2):2300704. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.2.2300704
22. Nordholm AC, Soborg B, Jokelainen P, Lauenborg Möller K, Flink Sorensen L, Grove Krause T, et al. Mycoplasma pneumoniae epidemic in Denmark, October to December, 2023. Euro Surveill. 2024 Jan;29(2):2300707. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.2.2300707
23. Chen Y, Jia X, Gao Y, Ren X, Du B, Zhao H, et al. Increased macrolide resistance rate of Mycoplasma pneumoniae correlated with epidemic in Beijing, China in 2023. Front Microbiol. 2024 Aug 6;15:1449511. DOI: 10.3389/fmicb.2024.1449511
24. Гусава ОЕ, Лебедько ОА, Наговицына ЕБ, Лазуткин МН, Савицкая ЕА, Клюева СВ, и др. Особенности вспышки внебольничной пневмонии, вызванной Mycoplasma pneumoniae, у детей в Хабаровском крае. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018;95(1):39-45. DOI: 10.36233/0372-9311-2018-1-39-45
25. Шамраева ВВ, Ивашкив АА, Юневич АИ. Микоплазменные пневмонии у детей Амурской области. Поиск клинико-лабораторных особенностей. Амурский медицинский журнал. 2024;12, 2(37):28-32. DOI: 10.24412/2311-5068-202412-2-28
26. Korneenko E, Rog I, Chudinov I, Lukina-Gronskaya A, Kozyreva A, Belyaletdinova I, et al. Antibiotic resistance and viral co-infection in children diagnosed with pneumonia caused by Mycoplasma pneumoniae admitted to Russian hospitals during October 2023 - February 2024. BMC Infect Dis. 2025 Mar 15;25(1):363. DOI: 10.1186/s12879-025-10712-0
27. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2024 году: Государственный доклад. М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2025.

Выпуск

№ 4, Том 10 (2025)

Кол-во страниц: 160 страниц

Другие статьи выпуска

Детекция и типирование боррелий в Тульской области. Сообщение 2. Клещи, собранные в природных биотопах (2025)

Авторы: Козлова Т. В., Решетняк Т. В., Щит И. Ю., Бикетов С. Ф.

В данном исследовании проанализированы материалы сбора клещей лесного Ixodes ricinus, лугового Dermacentor reticulatus в природных биотопах Тульской области и их инфицированность возбудителями иксодовых клещевых боррелиозов (ИКБ) за период с 2010 по 2020 г. Наибольшее количество клещей I. ricinus собрано в Алексинском, Ленинском и Суворовском районах, расположенных в лесной зоне области. Инфицированность клещей бактериями варьировала и по районам, и по годам в среднем от 5,38 до 36,95%. Всего исследовано на наличие возбудителей ИКБ 75,5% экземпляров клещей от общего количества, собранных в этот период (4736 из 6272 экземпляров). По результатам исследования собранных образцов I. ricinus ДНК бактерий рода Borrelia обнаружена в 754 пробах. Типировано 213 проб. В 188 (88,26%) пробах выявлена ДНК бактерий B. afzelii, в 25 пробах (11,74%) – ДНК бактерий B. garinii 20047Т. Доминирующий в области геновид B. afzelii преобладал в природных биотопах западной и центральной части лесной зоны (Белёвский, Суворовский, Ленинский районы). В северо-западной части лесной зоны (Алексинский район) и юго-восточной части лесостепной зоны (Ефремовский район) инфицированность клещей геновидами B. afzelii и B. garinii была одинаковой. В Венёвском районе инфицированных клещей не обнаружено.

При исследовании 3297 образцов клещей D. reticulatus ДНК бактерий рода Borrelia обнаружена в одной пробе в лесной зоне в Белёвском районе.

Полученные в ходе анализа данные подтверждают необходимость комплексного молекулярно-биологического мониторинга зараженности популяций клещей I. ricinus в природных очагах иксодовых клещевых боррелиозов Тульской области как определяющего фактора при расчете эпидемиологических рисков. Важно проводить информирование населения о рисках последствий присасывания клещей и мерах профилактики болезни Лайма (боррелиоза).

Сохранить в закладках

Определение уникальных пептидных маркеров изоформ ботулотоксина для их качественного и количественного определения методом масс-спектрометрии (2025)

Авторы: Сурин А. К., Рогозин М. М., Детушев К. В., Фирстова В. В.

Ботулинический токсин – это один из наиболее опасных биологических токсинов, применяемый в медицине, однако несущий потенциальную опасность в качестве агента биологической угрозы. В данном исследовании проведен комплексный in silico анализ аминокислотной последовательности ботулинического токсина разных серотипов с целью идентификации уникальных пептидных маркеров для специфической детекции методами масс-спектрометрии. Проведение биоинформатического анализа и теоретического протеолиза позволило идентифицировать уникальные пептиды, покрывающие различные функциональные домены ботулинических токсинов. Предложенные маркеры демонстрируют полную специфичность к целевым серотипам ботулотоксинов при анализе в базах данных UniProt и NCBI. Отобранные уникальные пептидные маркеры могут быть использованы при проведении анализа биологических образцов, продуктов питания или объектов окружающей среды на наличие ботулотоксинов методом жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии в режиме множественного мониторинга реакций или методом времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией.

Сохранить в закладках

РАЗРАБОТКА И ПРИМЕНЕНИЕ ИММУНОМАГНИТНЫХ ЧАСТИЦ НА ОСНОВЕ МОНОКЛОНАЛЬНЫХ АНТИТЕЛ ДЛЯ ИММУНОФЕРМЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИИ СТАФИЛОКОККОВЫХ ЭНТЕРОТОКСИНОВ A И B В ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТАХ (2025)

Авторы: Яковлева В. А., Панферцев Е. А., Решетняк Т. В., Перовская О. Н., Болтунова А. А., Соловьёв П. В., Фёдоров Т. В., Королёва-Ушакова А. Г., Бикетов С. Ф.

Стафилококковые энтеротоксины A (SEB) и B (SEB), секретируемые коагулазоположительными бактериями Staphylococcus aureus, – известные этиологические агенты пищевых токсикоинфекций человека. При их детекции в пищевых продуктах важно устранять негативное влияние пищевой матрицы на специфичность и чувствительность используемой тест-системы. Целью данного исследования являлась разработка методики с использованием иммуномагнитной сепарации и иммуноферментного анализа для детекции стафилококковых энтеротоксинов в пищевых продуктах. Для решения поставленной задачи были получены моноклональные антитела, специфично взаимодействующие с SEA и SEB, на основе которых получены иммуномагнитные частицы для сепарации и концентрирования токсинов, разработана сэндвич-иммуноферментная тест-система для детекции токсинов. В результате удалось достигнуть ~80%-й извлекаемости энетротоксинов после искусственной контаминации пищевых образцов с пределом детекции 10 нг на 100 г образца продукта.

Сохранить в закладках

Разработка лиофильно высушенной тест-системы на основе изотермической амплификации (LAMP) для диагностики малярии (2025)

Авторы: Панферцев Е. А., Решетняк Т. В., Фёдоров Т. В., Бикетов С. Ф.

В статье рассматривается комплекс исследований при создании лиофилизированной тест-системы для диагностики малярии на основе изотермической амплификации (LAMP). Малярия остается одним из наиболее распространенных и опасных заболеваний в мире, уносящим тысячи жизней. Традиционная диагностика (микроскопия, экспресс-тесты, полимеразная цепная реакция) надежна, но непрактична в регионах с ограниченными ресурсами для оказания медицинской помощи. Разработка лиофильно высушенных LAMP-тестов, стабильных при хранении и транспортировке без использования холодовой цепи, – перспективная альтернатива для быстрой и высокоэффективной диагностики малярийного плазмодия. Разработанная нами тест-система в лиофильно высушенном формате для выявления малярии поможет улучшить диагностику и лечение малярии, особенно в регионах с ограниченным доступом к медицинской помощи.

Сохранить в закладках

Издательство

Издательство: ГНЦ ПМБ
Регион: Россия, Москва
Почтовый адрес: «Квартал А», д. 24, п. Оболенск, г. о. Серпухов, Московская обл., 142279
Юр. адрес: «Квартал А», д. 24, п. Оболенск, г. о. Серпухов, Московская обл., 142279
ФИО: Дятлов Иван Алексеевич (ДИРЕКТОР)
Контактный телефон: +7 (___) _______
Сайт: https://obolensk.org/

Все права на тексты и товарные знаки принадлежат их законным владельцам. Подробнее...

Сайт https://scinetwork.ru (далее – сайт) работает по принципу агрегатора – собирает и структурирует информацию из публичных источников в сети Интернет, то есть передает полнотекстовую информацию о товарных знаках в том виде, в котором она содержится в открытом доступе.

Сайт и администрация сайта не используют отображаемые на сайте товарные знаки в коммерческих и рекламных целях, не декларируют своего участия в процессе их государственной регистрации, не заявляют о своих исключительных правах на товарные знаки, а также не гарантируют точность, полноту и достоверность информации.

Все права на товарные знаки принадлежат их законным владельцам!

Сайт носит исключительно информационный характер, и предоставляемые им сведения являются открытыми публичными данными.

Администрация сайта не несет ответственность за какие бы то ни было убытки, возникающие в результате доступа и использования сайта.

Спасибо, понятно.

Сказать «Спасибо»

Вы можете поблагодарить автора за публикацию. Ему (ей) будет приятно.

Наведите камеру на QR-код, чтобы открыть моб. версию страницы.