ЭФФЕКТИВНАЯ ПРОГРАММНАЯ РЕАЛИЗАЦИЯ ЧИСЛЕННЫХ МЕТОДОВ РЕШЕНИЯ ЖЕСТКИХ СИСТЕМ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫХ УРАВНЕНИЙ С ЗАПАЗДЫВАЮЩИМ АРГУМЕНТОМ (2020)
Системы уравнений с запаздываниями широко применяются в различных областях современного математического моделирования. В ходе разработки структуры математической модели и идентификации ее параметров приходится многократно решать задачу Коши для подобных систем. В случае высокой размерности системы, а также при условии жесткости задачи численное решение уравнений с запаздываниями может требовать значительных вычислительных и временных затрат. Таким образом, разработка и реализация эффективных алгоритмов численного решения различных классов уравнений с запаздывающими аргументами является актуальной задачей. В настоящей статье представлена модифицированная версия программного комплекса DIFSUBDEL, в которой реализованы методы численного решения дифференциальных уравнений с запаздываниями на основе линейных многошаговых методов. Переработанная версия разработана с применением принципов структурного программирования и является значительно более удобной в эксплуатации, чем исходная, а также обладает свойством потокобезопасности, что позволяет использовать комплекс в качестве блока в системах, основанных на технологиях параллельного программирования с общей памятью. Был проведен сравнительный анализ производительности переработанной системы DIFSUBDEL c другими существующими программными реализациями численных методов решения дифференциальных уравнений с запаздыванием и показана ее эффективность.
Идентификаторы и классификаторы
- eLIBRARY ID
- 42544244
Системы дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом (ДУЗА) широко используются для построения математических моделей в таких областях, как физика, биология, экология, иммунология [1, 2]. Так, в биологических моделях запаздывание может отражать длительность процессов, не описываемых напрямую, однако занимающих некоторое время, например, транспортировку веществ, некоторые стадии клеточного цикла при дифференцировке и пролиферации клеток. По сравнению с моделями на основе обыкновенных дифференциальных уравнений (ОДУ), модели, основанные на ДУЗА, позволяют описать более широкий класс процессов, обладают более богатой динамикой [3, 4], а также могут обеспечить лучшую согласованность с экспериментальными данными по кинетике рассматриваемых переменных. Для решения задачи Коши для системы ДУЗА предложено и описано достаточно большое количество численных методов (например, обзоры можно найти в работах [5, 6]). Однако количество разработанных программных реализаций (например, [7–10]) существенно меньше, чем для систем ОДУ. При этом большинство программных реализаций сложны в понимании и модификации, так как написаны на языке FORTRAN-77, в котором отсутствовали многие возможности, доступные в более новых стандартах. Данная проблема рассматривалась ранее для некоторых программных комплексов. Так, были созданы дружественные к пользователю версии солвера для уравнений с запаздываниями DKLAG6, а также для решения краевых задач для ОДУ [11, 12]. При этом авторы использовали FORTRAN-90/95, а также руководствовались опытом написания программ на MATLAB [24].
В настоящей работе решена задача развития программного комплекса DIFSUBDEL, предложенного в 1986 г. Г. А. Бочаровым и А. А. Романюхой [13, 14]. Этот комплекс позволяет эффективно решать задачу Коши для систем ДУЗА, в том числе при условии жесткости. Нашей целью была переработка системы DIFSUBDEL с использованием более современной версии языка FORTRAN-90 для улучшения читаемости исходного кода, упрощения его модификаций, а также выполнения условий потокобезопасности для возможности применения технологий параллельного программирования, использующих общую память. Было проведено тестирование переработанного программного комплекса, а также сравнение с другими существующими программными реализациями численных методов решения систем ДУЗА на примере системы уравнений, описывающих модель гепатита-B [15]. Было показано, что разработанный программный комплекс позволяет эффективно решать задачу Коши для систем уравнений с запаздывающим аргументом, в том числе при условии жесткости задачи. Модернизированная версия комплекса DIFSUBDEL выложена в открытый репозиторий Bitbucket [16].
Список литературы
- Baker C.T.H., Bocharov G.A., Rihan F.A. A report on the use of delay differential equations in numerical modelling in the biosciences. Report MCCM 1360-1725. Manchester: Manchester Centre for Computational Mathematics, 1999.
- Bocharov G.A., Rihan F.A. Numerical modelling in biosciences using delay differential equations // Journal of Computational and Applied Mathematics. 2000. Vol. 125, N 1-2. 183-199. EDN: LGFIMR
- Kuang Y. Delay differential equations: with applications in population dynamics. New York: Academic Press, 1993.
- Smith H. An introduction to delay differential equations with applications to the life sciences. New York: Springer, 2011.
- Baker C.T.H., Paul C.A.H., Wille D.R. A bibliography on the numerical solution of delay differential equations. Numer. Anal. Rept. No. 269. Manchester: Univ. of Manchester, 1995.
- Bellen A., Zennaro M. Numerical methods for delay differential equations. Oxford: Oxford Univ. Press, 2013.
- Shampine L.F., Thompson S. Solving delay differential equations with dde23. https://www.radford.edu/thompson/webddes/tutorial.pdf.
- Wille D.R., Baker C.T.H. DELSOL - a numerical code for the solution of systems of delay-differential equations // Applied Numerical Mathematics. 1992. Vol. 9, N 3-5. 223-234.
- Neves K.W. Automatic integration of functional differential equations: an approach // ACM Trans. Math. Softw. 1975. Vol. 1, N 4. 357-368.
-
Project radar5 0.1. https://pypi.org/project/radar5/.
-
Thompson S., Shampine L.F. A friendly Fortran DDE solver // Applied Numerical Mathematics. 2006. Vol. 56, N 3-4. 503-516.
-
Shampine L.F., Muir P.H., Xu H. A user-friendly Fortran BVP solver // J. Numer. Anal. Ind. Appl. Math. 2006. Vol. 1, N 2. 201-217.
-
Бочаров Г.А., Романюха А.А. Численное решение дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом на основе линейных многошаговых методов. Аппроксимация, сходимость и устойчивость. Препринт ОВМ АН СССР № 116. М., 1986.
-
Бочаров Г.А., Романюха А.А. Численное решение дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом на основе линейных многошаговых методов. Алгоритм и программа. Препринт ОВМ АН СССР № 117. М., 1986.
-
Bocharov G., Marchuk G., Romanyukha A. Numerical solution by LMMs of stiff delay differential systems modeling an immune response // Numerische Mathematik. 1996. Vol. 73. 131-148. EDN: LDSJPN
-
DIFSUBDEL. https://bitbucket.org/a_valerya/difsubdel/src/master/.
-
Bellman R., Cooke K.L. Differential-difference equations. New York: Academic Press, 1963.
-
Corwin S.P., Sarafyan D., Thompson S. DKLAG6: a code based on continuously imbedded sixth-order Runge-Kutta methods for the solution of state-dependent functional differential equations // Applied Numerical Mathematics. 1997. Vol. 24, N 2-3. 319-330. EDN: AINMOH
-
Sarafyan D. Approximate solution of ordinary differential equations and their systems through discrete and continuous embedded Runge-Kutta formulae and upgrading of their order // Computers and Mathematics with Applications. 1994. Vol. 28, N 10-12. 353-384.
-
Paul C.A.H. A user-guide to Archi: an explicit Runge-Kutta code for solving delay and neutral differential equations and parameter estimation problems. Numerical Analysis Report No. 283 (Extended). Manchester: University of Manchester, 1997.
-
Baker C.T.H., Butcher J.C., Paul C.A.H. Experience of STRIDE applied to delay differential equations. Numerical Analysis Report No. 208. Manchester: University of Manchester, 1992.
-
Lo E., Jackiewicz Z. The algorithm SNDDELM for the numerical solution of systems of neutral delay differential equations // Delay Differential Equations with Applications in Population Dynamics. New York: Academic Press, 1993. 377-393.
-
Shampine L.F., Thompson S. Solving DDEs in Matlab // Applied Numerical Mathematics. 2001. Vol. 37, N 4. 441-458. EDN: ANGRZD
-
MathWorks. https://www.mathworks.com/.
-
Dahl O.J., Dijkstra E.W., Hoare C.A.R. Structured programming. New York: Academic Press, 1972.
Выпуск
“Вычислительные методы и программирование” (“Numerical Methods and Programming”) – научно-исследовательский рецензируемый журнал, учредителем и издателем которого является Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (НИВЦ МГУ). Журнал публикует результаты новых научных, практических и теоретических исследований, полученных в области вычислительной математики, математического моделирования, программного обеспечения вычислительных машин, комплексов и сетей, а также их приложений.
Редакция журнала принимает к рассмотрению авторские материалы высокого качества, оформленные в виде оригинальной статьи или обзора. Новизна и научная значимость работы проверяются рецензентами и редакторами. Журнал выходит с периодичностью 4 выпуска в год. Публикация статей бесплатна. Статьи, опубликованные в журнале, находятся в открытом доступе для всех пользователей сети Интернет.
Другие статьи выпуска
Для моделирования колебаний холодной плазмы как в нерелятивистском случае, так и с учетом релятивизма предложены модификации классических разностных схем второго порядка точности: метода МакКормака и двухэтапного метода Лакса-Вендроффа. Ранее для подобных расчетов в эйлеровых переменных была известна только схема первого порядка точности. Для задачи о свободных плазменных колебаниях, инициированных коротким мощным лазерным импульсом, с целью тестирования представленных схем проведены численные эксперименты по сохранению энергии и других величин. Сделан вывод о достоверности численного анализа колебаний как на основе схемы МакКормака, так и на основе схемы Лакса-Вендроффа, однако для расчетов “долгоживущих” процессов первая схема более предпочтительна. Теоретическое исследование аппроксимации и устойчивости вместе с экспериментальным наблюдением за количественными характеристиками погрешности для наиболее чувствительных величин существенно повышает достоверность вычислений.
На основе модели взаимопроникающих континуумов проводится численное моделирование нестационарного течения газовзвеси, возникающего при взаимодействии ударной волны со слоем инертных частиц. Каждая фаза описывается набором уравнений, выражающих законы сохранения массы, импульса и энергии. Межфазное взаимодействие учитывается при помощи источниковых членов в уравнениях изменения количества движения и энергии. Основные уравнения для газовой и дисперсной фаз имеют гиперболический тип, допускают запись в консервативной форме и решаются с использованием численного метода типа Годунова повышенного порядка точности. Для дискретизации уравнений по времени применяется метод Рунге-Кутты 3-го порядка. Построенная модель позволяет рассчитывать широкий спектр режимов течения газовзвеси, возникающих при изменении объемной концентрации дисперсной фазы. Обсуждаются вопросы, связанные с замыканием математической модели, а также детали реализации численной модели. Приводятся ударно-волновая структура течения и пространственно-временные зависимости концентрации частиц и других параметров потока.
Поставлена плоская (двумерная) задача о математическом моделировании работы скважины в анизотропном неоднородном пласте грунта с раздельной анизотропией и неоднородностью, когда контур питания произвольный. Рассматривается совершенная скважина, когда она полностью вскрывает пласт своей рабочей частью (фильтром). Проницаемость грунта характеризуется тензором второго ранга, компоненты которого моделируются степенной функцией координат. Гомеоморфным аффинным преобразованием координат эта задача приводится к каноническому виду, что значительно упрощает ее исследование. Получено в конечном виде аналитическое решение задачи о дебите скважины с конкретным эллиптическим контуром питания, а также в случае, когда контур питания удален в бесконечность. В случае произвольного гладкого контура питания задача о дебите редуцирована к системе сингулярного интегрального уравнения и интегрального соотношения, которая решена численно методом дискретных особенностей. Исследовано влияние на дебит анизотропии, неоднородности пласта и формы контура питания.
Рассматривается проблема суперкомпьютерного моделирования процессов очистки воздушной среды от мелкодисперсных твердых загрязняющих примесей, кластеризованных в виде наночастиц. Моделируемый способ очистки предполагает применение нанофильтров и сорбентов. Оба способа очистки часто комбинируются в современных очистных системах. Способ очистки с помощью нанофильтров позволяет получить высокое качество, но является дорогостоящим вследствие необходимости частой замены фильтрующих элементов (мембран). Способ очистки с помощью сорбентов оказывается несколько хуже по качеству, однако позволяет проводить очистку многократно после промывки сорбента специальными жидкостями. Для оптимизации систем воздушной очистки, использующих нанофильтры и сорбенты, необходимо детальное исследование протекающих в системе очистки процессов. В предлагаемом исследовании рассматривается часть проблемы, связанная с прохождением воздушного потока, содержащего твердые наночастицы загрязнителя, через слой гранулированного сорбента. Для этого разработаны многомасштабная математическая модель, численный алгоритм и параллельная реализация модели на макроскопическом масштабе. Новизна подхода связана с использованием квазигазодинамической модели для описания течения в сорбирующем слое и нескольких вариантов граничных условий на гранулах сорбента. Предварительные расчеты показали возможность расчета течений подобного класса.
Статья посвящена решению обратных задач синтеза нанооптических защитных элементов. Синтез нанооптического элемента включает в себя как решение обратной задачи расчета его фазовой функции, так и прецизионное формирование микрорельефа. При освещении микрорельефа в любой точке нанооптического элемента когерентным излучением в фокальной плоскости, параллельной плоскости оптического элемента, формируется изображение, используемое для автоматизированного контроля. Область оптического элемента разбивается на элементарные области. Изображение в элементарных областях формируется с помощью бинарных киноформов, фазовая функция которых рассчитывается с помощью решения нелинейного интегрального уравнения Фредгольма первого рода. Глубина микрорельефа в каждой элементарной области постоянна и определяет цвет элементарной области при освещении оптического элемента белым светом. Разработанные элементы могут быть использованы для защиты документов, акцизных марок, брендов и др.
Представлен алгоритм построения персистентных диаграмм для оценки изменения топологии матрицы породы при взаимодействии с химически активным флюидом. В пространстве персистентных диаграмм вводится метрика, которая позволяет выполнять их кластеризацию для количественной оценки “схожести” изменений топологии порового пространства в процессе растворения матрицы породы. На основе такой кластеризации показано, что одним из доминирующих параметров в процессе химического взаимодействия флюида с породой в пластовых условиях являются скорость реакции и коэффициент диффузии, в то время как скорость потока оказывает существенно меньшее влияние.
Предложены подходы к численному решению систем уравнений, описывающих кинетику двухстадийной фотохимической реакции в вязком полярном растворителе. Математическая модель построена на основе расширенной интегральной теории встреч и учитывает диффузионную подвижность молекул-реагентов в жидкости, неравновесность среды и внутримолекулярных степеней свободы, удаленный перенос электрона в донорно-акцепторных парах, разделенных растворителем. В рамках метода броуновского моделирования разработаны алгоритмы расчета безреакционных стохастических траекторий частиц на поверхностях свободной энергии, соответствующих различным состояниям реагентов и продуктов, схемы детектирования реакционных событий и генерации электронных “прыжков”, а также алгоритмы расчета нестационарных потоков частиц между электронными состояниями и вычисления интегральных ядер кинетических уравнений. Представлены результаты тестовых расчетов, демонстрирующие корректность численного решения и воспроизводящие известные особенности реакций электронного переноса в полярных жидкостях.
Представлен метод сравнительного анализа профилей распределения интенсивности на основе тензора структуры изображения. Совокупность параметров массива локальных тензоров, вводимых для каждого пикселя регистрируемого изображения, используется для определения спектра локальных ориентаций, профиля энергоемкости изображения и согласованности его структуры. Рассматриваемый метод актуален для дискретного анализа пространственной и пространственно-временной структуры волновых пучков, прошедших область локализованных или распределенных рефракционных помех.
Рассматриваются математические модели, связанные с изучением нестационарных процессов фильтрации в подземной гидродинамике. Они представляют собой нелинейные задачи для параболических уравнений с неизвестной функцией источника в правой части. Одна из постановок является системой, которая состоит из краевой задачи с граничными условиями первого рода и из уравнения, задающего закон изменения по времени искомой функции источника. В другой постановке соответствующая система включает в себя краевую задачу с граничными условиями второго рода. Указанные постановки существенно отличаются от обычных краевых задач для параболических уравнений. Цель исследования - установить для этих нелинейных параболических задач условия однозначной разрешимости в классе гладких функций на основе априорных оценок метода Ротэ.
Издательство
- Издательство
- МГУ
- Регион
- Россия, Москва
- Почтовый адрес
- оссийская Федерация, 119991, Москва, Ленинские горы, д. 1
- Юр. адрес
- оссийская Федерация, 119991, Москва, Ленинские горы, д. 1
- ФИО
- Садовничий Виктор Антонович (РЕКТОР)
- E-mail адрес
- info@rector.msu.ru
- Контактный телефон
- +7 (495) 9391000
- Сайт
- https://msu.ru/