У казахов два аристократических рода — кожа и торе, не входящие в систему жузов. Род кожа, по генеалогическим легендам, ведет своё происхождение от Пророка Мухаммеда, его многочисленных сподвижников, четырёх первых халифов или арабских завоевателей. Торе считаются потомками Чингисхана. По данным популяционной генетики (гаплогруппы Y-хромосомы и их субклады) выполнена этническая идентификация их предков. Предкиарабы с Аравийского полуострова у кожа не выявлены. Предками большинства были «таджики». Эта популяция в прошлом занимала территории Таджикистана, Северного Афганистана, Восточного Ирана. Проживала в городах Сырдарьинского региона, возможно, Ферганской долины, а также междуречья Сырдарьи и Амударьи. Второй компонент рода кожа «монголы». Всего носителей монгольских гаплогрупп (C2, O и D) у них 6,5…31,3 %, в том числе гаплогруппы C2 — 6,5…18,8 %. Эти же два этнических компонента по частотам резко доминируют у торы. Частоты монгольских гаплогрупп 42,9…63,0 %, гаплогруппы C2 — 39,1…63,0 %. Среди носителей её субкладов не имеется потомков монголов халха. Минимально представлены потомки калмыков. Большинство является потомками калмаков и носителей этнически не идентифицированного субклада «Авары». Единственное значимое отличие торе от кожа — у них выше частоты монгольских гаплогрупп, примерно, как у казахов Старшего жуза. Данные популяционной генетики по торе и кожа не соответствуют их генеалогическим легендам.
Гаплогруппы Y-хромосомы (передаются по мужской линии) C2, O и D принято называть монгольскими. У казахов Казахстана 40–52 % носителей гаплогруппы C2, 8 % — O и до 1 % — D. Всего монгольских гаплогрупп у казахов — 49–60 %. По наличию указанных показателей казахи практически не отличаются от калмыков. В гаплогруппе C2 выделено четыре субклада: C2a1a2a-M48(×M504) доминирует у калмыков; C2a1a2b-M48(M504) по частоте у калмаков (джунгары), C2b-F1067 «Халха» доминирует у монголов-халха, и C2-Y10418 «Авары» этнически не идентифицирован. Калмыки и калмаки (джунгары) — монголы-ойраты. Такое распределение частот субкладов позволяет рассмотреть этническую идентификацию казахов, носителей гаплогруппы C2. Нами рассмотрен 21 массив данных популяционной генетики (число тестированных — 6484), характеризующих казахов по регионам проживания, жузам и родам. В этногенез казахов Старшего жуза определяющий вклад внесли калмаки, Младшего — калмыки. Их вклад в генетический портрет родов Среднего жуза дифференцированный. Монголов-халха на территории формирования этноса казахов (восточная часть улуса Джучи и северная часть улуса Чигатая) не имелось. Частоты субклада «Халха» у казахов — на уровне его частот у калмыков. Исключение составляют казахи Туркестанской области, у которых 20 % носителей субклада «Халха». Главный механизм формирования этноса казахов — социальный. Первоначально Казацкие орды формировались так же, как и в Восточной Европе — из отдельных людей, вышедших из разных социальных систем. Позднее отдельные рода ойратов переходили в казацкие орды из жесткой феодальной структуры Калмыцкого и Джунгарского ханств. Второй по значимости механизм — создание совокупности шежире как национального мифа казахов.
У поволжских татар выделяется три субпопуляции: казанские татары, мишари и кряшены. Казанские татары и мишари по вероисповеданию являются мусульманами, кряшены — христианами (кряшены — крещёные). В научной литературе рассмотрены естественнонаучные данные (антропологические параметры, частоты гаплогрупп Y-хромосомы, мтДНК и генов HLA II класса), характеризующие поволжских татар и другие популяции Евразии. Кряшены в основную фазу их формирования (1550–1560-е годы) обособились от казанских татар и мишарей. Позднее в их число включено ограниченное количество новокрещёных. У поволжских татар 4,0% носителей монгольских гаплогрупп Y-хромосомы (C2, D и O) и 13,2% и сибирских (Q1a, Q1b, линии гаплогруппы N1a), а также 16,5% восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК (A, D, C и D). У кряшен указанные гаплогруппы не выявлены. По гаплогруппам Y-хромосомы выделено два этнических компонента кряшен: русские (37,5%) и ногаи (62,5%). Они значимо представлены также у казанских татар и мишарей. У казанских татар и одной из групп мишарей имеются антропологические признаки монголоидности. При учёте данных популяционной генетики эти же признаки у небольшого числа кряшен являются проявлением сублапоноидности. Генетический портрет кряшен в первом приближении характеризует популяции Казанского ханства по состоянию на середину XVI в. У них не имелось антропологических признаков монголоидности, монгольских и сибирских гаплогрупп Y-хромосомы, а также восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК. Казанские татары и мишари получили их от калмыков, пришедших в Северный Прикаспий в первой половине XVII в. Была и эмиссия восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК и сибирских Y-хромосомы непосредственно из Сибири. Сформирована гипотеза первой стадии этногенеза кряшен: их основу составили русские, попавшие в Казанское ханство как полоняники.
Известны две крупные миграции монголов за пределы территории Монголии. Первая — в процессе монгольских завоеваний XIII в. Вторая — переход монголов-ойратов из Западной Монголии в Синьцзян, Семиречье и Северный Прикаспий в первой половине XVII в. с формированием Джунгарского и Калмыцкого ханств. Была также и миграция калмаков (джунгар) с территории Джунгарского ханства в другие регионы после его разгрома Китаем в 1755-59 гг. В рамках популяционной генетики у монголов выделяют две субпопуляции: монголы-ойраты и монголы-халха (западные и восточные монголы). В первой миграции участвовали обе субпопуляции, во второй и третьей — только монголы-ойраты. По частотам у субпопуляций доминируют разные субклады гаплогруппы Y-хромосомы С. Исходя из данного факта в статье поставлена задача раздельного поиска генетических следов миграции моголов в XIII в., а также миграций ойратов в XVII и XVIII вв. в генофонде популяций Восточной Европы и регионов Азии. Субклады гаплогруппы C выделены в Дереве YTree: C-Y11591 «Сунгирь», C-K281 «Костёнки», C-M8574 «Не идентифицированный», C-Y10418 «Авары», C-M48 «Калмыки», C-M504 «Хазарейцы» и C-F1067 «Монголы-халха (?)». В исследовании рассмотрена их этногеография. Субклады «Калмыки» и «Хазарейцы» являются ойратскими. Субклад «Монголы-халха (?)» предположительно относится к монголам-халха. Выявлены генетические следы переселения монголов-ойратов в XVII и XVIII вв. у татар Татарстана, Томской, Нижегородской и Рязанской областей. Татары, носители гаплогруппы C, являются их потомками.
В Афганистане хазарейцы проживают в центральной части Гиндукуша (Хазараджат), афганском Туркестане и Бадахшане. Обитают они и в самой северной части Пакистана. Являются шиитами. В начале XX в. говорили на монгольском языке, сегодня — на диалекте дари с включением монгольских и тюркских слов. По естественнонаучным данным (этнография, этническая антропология, популяционная генетика), однозначно установлено: в этногенезе хазарейцев приняли участие и монголы. Гаплогруппа Y-хромосомы С является генетическим маркером монголов, в том числе и калмыков (ойрат-монголов). Её носители имеются у казахов, киргизов, узбеков, башкир, татар, ногайцев, хазарейцев и других популяций. У носителей этой гаплогруппы в Средней Азии, Внутренней и Внешней Монголии обособился кластер гаплотипов, названный Star Cluster. Время возникновения его прародителя — 400-1600 лет назад. У монголов частоты гаплотипов кластера самые высокие — 61,5 %, а у калмыков они аномально низкие — 1,1 %. Этот парадокс можно объяснить только одним способом. Калмыки потеряли контакты с основной массой монголов до начала эмиссии базового гаплотипа Star Cluster в регион их первоначального проживания (Западная Монголия). Дата этого события достоверно установлена по письменным свидетельствам — начало XVII в. Среди хазарейцев, носителей гаплогруппы С, частоты Star Cluster составляют 32-40 %. Их предки не могли выйти с территории Монголии раньше, чем вышли предки калмыков, то есть ранее XVII в. По данным популяционной генетики (YTree), хазарейцы являются потомками одного рода монголов — ойратов — и ближайшими генетическими родственниками волжских калмыков. По письменным свидетельствам, это калмаки Джунгарского ханства (3 тыс. семей), пришедшие в Бадахшан в 1759 г. Позднее их потомки, получив этноним «хазара», расселились на территориях Афганистана и северного Пакистана.