Статья посвящена проблемам управления научно-технологическим развитием России. Обоснованы основные функции прикладной науки в обеспечении технологического лидерства страны. Определены основные барьеры эффективного функционирования и развития прикладной науки для обеспечения технологического лидерства России, такие как неопределенный статус и ведомственная принадлежность прикладной науки, слабость взаимосвязи между фундаментальной и прикладной наукой, слабая роль прикладных научных организаций в процессах управления жизненным циклом наукоемкой продукции, и в целом в формировании и реализации государственной научно-технологической политики. Предложены организационные решения, позволяющие ослабить действие этих барьеров. Таким образом, определены институциональные барьеры в управлении научно-технологическим развитием России, и обоснованы пути их преодоления.