В статье раскрывается сущность предлагаемого автором понятия «экономическая экосистема инноваций», обозначается его отличие от дефиниции «национальная инновационная система». Выделен ключевой механизм экономической экосистемы инноваций - научно-производственная кооперация. Автором определены и систематизированы факторы, влияющие на уровень научно-производственной кооперации. Группировка факторов проведена с точки зрения внешних и внутренних аспектов, внешние факторы рассмотрены на государственном и региональном уровнях, а внутренние - с точки зрения предприятий реального сектора экономики и науки. При этом выделено шесть групп факторов: экономические, политические и нормативно-правовые, инфраструктурные, социокультурные и кадровые, научно-технологические и производственные, информационные. На основании обозначенных факторов спроектировано проблемное поле эффективности управления научно-производственной кооперацией и выделены основные проблемные зоны, препятствующие эффективному налаживанию кооперационных связей.