Данная статья является продолжением исследований, проводимых авторами на протяжении последних восьми лет, результаты которых публиковались в журнале «Контроллинг» на тему внедрения технологий контроллинга в высокотехнологичных областях здравоохранения, включая оценку соответствия систем менеджмента качества на предприятиях медицинской промышленности и обеспечение организационно-экономической устойчивости этих предприятий в кластерных структурах. Настоящее исследование посвящено разработке механизма внедрения сквозной системы менеджмента качества на основе стандартов ИСО на предприятиях медицинской и фармацевтической промышленности, а также медицинских организациях, являющихся участниками инновационной кластерной структуры. Авторами показано, что с учетом социальной значимости рассматриваемых отраслей народного хозяйства, а также значительного государственного участия в финансировании программ и проектов развития здравоохранения и промышленности, механизмы внедрения систем менеджмента качества являются необходимым условием соблюдения регуляторных требований, и их эффективность может быть существенно повышена при условии применения инструментов контроллинга.