В результате Реформации население Эстонии и большей части Латвии приняли лютеранство, при этом оно не получило в полной мере характера национальной религии - духовенство состояло преимущественно из прибалтийских немцев. В начале XX в. влияние лютеранства стало уменьшаться, к настоящему времени Эстония стала одной из самых нерелигиозных стран мира, в которой более половины верующих составляют православные. В то же время определенное развитие получили церкви фундаменталистского направления. Среди коренного населения более популярен баптизм, среди русских - пятидесятничество. Таллиннское пробуждение 1977-1980 годов оказало влияние на развитие харизматического движения в пятидесятническом сообществе позднего СССР. При участии латвийских пятидесятников в 1990-е годы было создано более 500 общин в России, Украине, Белоруссии и Казахстане.