В статье обосновано несоответствие современных методов оценки эколого-экономической эффективности мелиорационных расходов принципам комплексного природопользования. Авторы пришли к выводу о необходимости совершенствования данных подходов для достижения баланса между экологическими и социально-экономическими приоритетами. Предложен методический подход к оценке эколого-экономической эффективности бюджетного финансирования мелиорации земель. Его основу составляют: комплексный анализ состояния земельно-водных ресурсов и деградационных процессов на мелиорируемых территориях; учет региональной специфики: состояния мелиоративных систем, продуктивности земель, а также социально-экологических и природно-климатических условий; оценка вклада в общую эффективность ключевых участников: федеральных учреждений мелиоративного комплекса и сельскохозяйственных предприятий; анализ мультипликативного эколого-экономического эффекта от мелиорации в смежных отраслях агропромышленного комплекса. На материалах Южного федерального округа апробирован новый подход к оценке эколого-экономической эффективности бюджетных расходов на мелиорацию земель, внедрение которого в практику хозяйствования позволит повысить результативность использования бюджетных средств, увеличить экономическую отдачу сельхозпроизводства на мелиорируемых землях, предотвратить деградацию почв (эрозию, засоление, осолонцевание) и улучшить состояние агроландшафтов. Таким образом, реализация предложений вносит вклад в обеспечение продовольственной и экологической безопасности страны.