У казахов два аристократических рода — кожа и торе, не входящие в систему жузов. Род кожа, по генеалогическим легендам, ведет своё происхождение от Пророка Мухаммеда, его многочисленных сподвижников, четырёх первых халифов или арабских завоевателей. Торе считаются потомками Чингисхана. По данным популяционной генетики (гаплогруппы Y-хромосомы и их субклады) выполнена этническая идентификация их предков. Предкиарабы с Аравийского полуострова у кожа не выявлены. Предками большинства были «таджики». Эта популяция в прошлом занимала территории Таджикистана, Северного Афганистана, Восточного Ирана. Проживала в городах Сырдарьинского региона, возможно, Ферганской долины, а также междуречья Сырдарьи и Амударьи. Второй компонент рода кожа «монголы». Всего носителей монгольских гаплогрупп (C2, O и D) у них 6,5…31,3 %, в том числе гаплогруппы C2 — 6,5…18,8 %. Эти же два этнических компонента по частотам резко доминируют у торы. Частоты монгольских гаплогрупп 42,9…63,0 %, гаплогруппы C2 — 39,1…63,0 %. Среди носителей её субкладов не имеется потомков монголов халха. Минимально представлены потомки калмыков. Большинство является потомками калмаков и носителей этнически не идентифицированного субклада «Авары». Единственное значимое отличие торе от кожа — у них выше частоты монгольских гаплогрупп, примерно, как у казахов Старшего жуза. Данные популяционной генетики по торе и кожа не соответствуют их генеалогическим легендам.
Гаплогруппы Y-хромосомы (передаются по мужской линии) C2, O и D принято называть монгольскими. У казахов Казахстана 40–52 % носителей гаплогруппы C2, 8 % — O и до 1 % — D. Всего монгольских гаплогрупп у казахов — 49–60 %. По наличию указанных показателей казахи практически не отличаются от калмыков. В гаплогруппе C2 выделено четыре субклада: C2a1a2a-M48(×M504) доминирует у калмыков; C2a1a2b-M48(M504) по частоте у калмаков (джунгары), C2b-F1067 «Халха» доминирует у монголов-халха, и C2-Y10418 «Авары» этнически не идентифицирован. Калмыки и калмаки (джунгары) — монголы-ойраты. Такое распределение частот субкладов позволяет рассмотреть этническую идентификацию казахов, носителей гаплогруппы C2. Нами рассмотрен 21 массив данных популяционной генетики (число тестированных — 6484), характеризующих казахов по регионам проживания, жузам и родам. В этногенез казахов Старшего жуза определяющий вклад внесли калмаки, Младшего — калмыки. Их вклад в генетический портрет родов Среднего жуза дифференцированный. Монголов-халха на территории формирования этноса казахов (восточная часть улуса Джучи и северная часть улуса Чигатая) не имелось. Частоты субклада «Халха» у казахов — на уровне его частот у калмыков. Исключение составляют казахи Туркестанской области, у которых 20 % носителей субклада «Халха». Главный механизм формирования этноса казахов — социальный. Первоначально Казацкие орды формировались так же, как и в Восточной Европе — из отдельных людей, вышедших из разных социальных систем. Позднее отдельные рода ойратов переходили в казацкие орды из жесткой феодальной структуры Калмыцкого и Джунгарского ханств. Второй по значимости механизм — создание совокупности шежире как национального мифа казахов.
У поволжских татар выделяется три субпопуляции: казанские татары, мишари и кряшены. Казанские татары и мишари по вероисповеданию являются мусульманами, кряшены — христианами (кряшены — крещёные). В научной литературе рассмотрены естественнонаучные данные (антропологические параметры, частоты гаплогрупп Y-хромосомы, мтДНК и генов HLA II класса), характеризующие поволжских татар и другие популяции Евразии. Кряшены в основную фазу их формирования (1550–1560-е годы) обособились от казанских татар и мишарей. Позднее в их число включено ограниченное количество новокрещёных. У поволжских татар 4,0% носителей монгольских гаплогрупп Y-хромосомы (C2, D и O) и 13,2% и сибирских (Q1a, Q1b, линии гаплогруппы N1a), а также 16,5% восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК (A, D, C и D). У кряшен указанные гаплогруппы не выявлены. По гаплогруппам Y-хромосомы выделено два этнических компонента кряшен: русские (37,5%) и ногаи (62,5%). Они значимо представлены также у казанских татар и мишарей. У казанских татар и одной из групп мишарей имеются антропологические признаки монголоидности. При учёте данных популяционной генетики эти же признаки у небольшого числа кряшен являются проявлением сублапоноидности. Генетический портрет кряшен в первом приближении характеризует популяции Казанского ханства по состоянию на середину XVI в. У них не имелось антропологических признаков монголоидности, монгольских и сибирских гаплогрупп Y-хромосомы, а также восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК. Казанские татары и мишари получили их от калмыков, пришедших в Северный Прикаспий в первой половине XVII в. Была и эмиссия восточно-евразийских гаплогрупп мтДНК и сибирских Y-хромосомы непосредственно из Сибири. Сформирована гипотеза первой стадии этногенеза кряшен: их основу составили русские, попавшие в Казанское ханство как полоняники.