В работе описана трёхмерная и трёхфазная математическая модель математическая процесса промышленного электролиза алюминия, которая основана на системе уравнений Навье-Стокса, системе уравнений Максвелла с использованием уравнения для поиска температуры в рабочем пространстве ванны. Характерной особенностью данной модели является непосредственное влияние температуры на форму рабочего пространства ванны, которое проявляется в размытии и кристаллизации настыли и гарнисажа алюминиевого электролизёра. С помощью представленной математической модели проводится численное исследование динамики изменения настыли при вариации начальной конфигурации рабочего пространства ванны. На основе графиков раздела сред для различной формы гарнисажа сделан вывод о наиболее МГД-стабильной форме электролизной ванны.