В условиях демографических изменений особое значение приобретает сохранение здоровья всех детей, включая детей-инвалидов и детей с ограниченными возможностями здоровья (ОВЗ). Дети-инвалиды представляют собой особую группу, требующую создания специальных условий для эффективного обучения и воспитания. Методические трудности комплексной оценки здоровья детей-инвалидов обусловлены ведомственным разобщением и недостаточной гармонизацией нормативных документов. Целью исследования было оптимизировать комплексную оценку здоровья детей с ОВЗ. Для проведения исследования были использованы данные медицинских карт обучающихся (n = 104). В ходе исследования установлены высокий уровень заболеваемости детей, низкий удельный вес детей с нормальным физическим развитием (57%), преобладание детей с низким ростом в структуре детей с нарушениями физического развития (20%). Рекомендовано использование двух методик оценки физического развития детей: шкалы регрессии информативны в отношении нарушений роста детей, индекс массы тела (ИМТ) — в отношении степени избытка массы тела. Выявлены противоречия результатов комплексной оценки здоровья: 68 детей 5-й группы здоровья отнесены к подготовительной группе физического воспитания, что предполагает высокий риск развития тяжелой клинической ситуации на уроке физкультуры. В целях оптимизации комплексной оценки здоровья детей-инвалидов рекомендованы более четкие формулировки в приказе Министерства здравоохранения Российской Федерации (МЗ РФ), их гармонизация с понятийным аппаратом приказов Министерства труда и социальной защиты РФ (Минтруд России).