В 1990-е годы в России сформировалась двухуровневая система управления наукой, включавшая федеральный и региональный уровни. В условиях политического и экономического кризиса были созданы структуры и механизмы взаимодействия федеральных и региональных органов власти и управления в сфере научно-технологического развития, разграничены их полномочия, разработана нормативно-правовая база единой государственной и региональной научно-технической политики. Основным центром координации выступило Министерство науки и технологий Российской Федерации, в структуре которого действовали специальные подразделения по сотрудничеству с регионами. Используя архивные материалы, нормативные источники и публикации 1990-х гг., автор рассматривает формы взаимодействия федерального и регионального уровней управления наукой. Дан краткий обзор развития федерального и регионального законодательства о науке. Взаимодействие с субъектами РФ осуществлялось в формах адресной работы с руководителями, заключения и реализации двусторонних соглашений о сотрудничестве, информационно-консультативной помощи, совместной нормотворческой деятельности, разработки и реализации федеральных и региональных целевых программ. Проанализированы итоги работы по подготовке и реализации региональных научно-технических программ, показаны особенности их разработки, а также сложности, с которыми сталкивались регионы и федеральный центр. В числе этих сложностей не только нехватка средств, но и проблемы выбора тематики исследований, соответствующей приоритетам научно-технологического развития региона, отсутствие конкурсности в выборе исполнителей, разрыв между научно-технической и инновационной деятельностью. Важным элементом механизма взаимодействия стали межрегиональные ассоциации субъектов РФ. Занимая промежуточное место между федеральным и региональным уровнями, они позволяли субъектам вырабатывать согласованную программу взаимодействия с федеральным центром, становились площадкой для разработки программ мероприятий по сохранению и развитию научного потенциала входящих в них регионов.