Цель. Изучить особенности микробного пейзажа у пациентов с хронической обструктивной болезнью легких и хроническим простым бронхитом профессиональной этиологии (ХОБЛ ПЭ и ХПБ ПЭ) от воздействия минеральной пыли с различными клиническими фенотипами.
Материалы и методы. В зависимости от частоты обострений и показателя спирометрии пациенты были разделены на 3 группы: клинический фенотип «В» (ХОБЛ ПЭ, GOLD II) – 10 человек; клинический фенотип «Е» (ХОБЛ ПЭ, GOLD III-IV) – 19 человек; ХПБ ПЭ – 11 человек. В соответствии с методическими указаниями осуществлялся забор слизи из лакун миндалин, далее биоматериал транспортировался в лабораторию в изотермических условиях с использованием транспортной среды Эймса. Посев осуществлялся на плотные питательные среды, которые инкубировались в аэробных и микроаэрофильных условиях. Идентификацию выросших культур проводили с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии. Антибиотикорезистеность выделенных микроорганизмов определяли диско-диффузионным методом в соответствии с актуальной версией рекомендаций МАКМАХ.
Результаты. Общими характеристиками микробиоты у пациентов ХОБЛ ПЭ обоих фенотипов были: преобладание представителей Firmicutes, равная бактериальная нагрузка (р = 0,48), отсутствие протективных комменсалов и типичных для больных ХОБЛ микроорганизмов (Moraxella catarrhalis). Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae встретились только у одного пациента фенотипа «Е». Фенотип ХОБЛ ПЭ «Е» качественно отличался от фенотипа «В» за счет преобладания представителей Pseudomonadota (р = 0,0005), условно-патогенных микроорганизмов над непатогенными (54% против 19%, р = 0,0005), меньшим количеством представителей Neisseriales, большим количеством устойчивых к антибиотикам микроорганизмов и большим количеством грибов рода Candida.
Выводы. Результаты исследования указывают на гетерогенность микробиоты у различных клинических фенотипов пациентов ХОБЛ ПЭ и ХПБ ПЭ. Общими чертами всех фенотипов стала тенденция к росту условно-патогенной микробиоты, наличие устойчивых к антибиотикам изолятов. Пациенты с частыми обострениями имели эндотип Т2 воспаления, у них отмечалось более выраженное упрощение микробиоты, рост представителей условно-патогенной микробиоты, устойчивой к антибиотикам. Нарушения в микробиоте у пациентов с ХПБ ПЭ говорят о вовлечении микроорганизмов в процессы воспаления и ремоделирования дыхательных путей на раннем этапе заболевания, что требует дальнейших исследований. Полученные результаты необходимо учитывать при проведении эмпирической антибактериальной терапии обострений у этих больных, а также включении в реабилитационную программу пациентов ХОБЛ ПЭ и ХПБ ПЭ вакцинопрофилактики против пневмококка.
Цель. Изучить микробный состав биоптатов при воспалительных заболеваниях кишечника.
Материалы и методы. С ноября 2019 по февраль 2023 г. обследовано 100 пациентов колопроктологического отделения с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК): 65 пациентов – с язвенным колитом и 35 пациентов с болезнью Крона. Осуществлен метагеномный анализ биоптатов (ДНК-секвенатор Illumina, США), полученных в ходе эндоскопического исследования по стандартной методике, с биоиформатическим анализом данных. Разнообразие микробиомов в образцах (альфа-разнообразие) оценивали с помощью индекса Фишера. С помощью расстояния Брея-Кертиса оценивали сходство микробиомов между образцами (бета-разнообразие). Проведен анализ главных координат (PCoA) для визуализации сходства микробиомов между образцами. Статистически значимыми считали результаты при p < 0,05.
Результаты. Метагеномный анализ позволил изучить качественный и количественный состав микробиоты кишечника у пациентов с язвенным колитом и болезнью Крона. Выявлено 20 филумов микроорганизмов, в том числе 146 семейств, 336 родов, 516 видов микроорганизмов. На уровне филумов было получено два основных – Proteobacteria, Firmicutes. При сравнии изучаемые нозологические формы между собой было отмечено увеличение разнообразия бактерий филума Proteobacteria в 1,2 раза при язвенном колите. Преобладающим видом данного филума является Escherichia сoli. В свою очередь, относительная представленность кишечной палочки выше в 1,6 раз у пациентов с болезнью Крона (23,9%/14,48%). Выявлены таксономические категории, отсутствующие при том или ином виде заболевания – отделы: Cyanobacteria (0,049%), Acidobacteria (0,010), Planctomycetes (0,009%), некультивируемые бактерии-кандидаты в подразделении SR1 (Sulfur-River 1) (0,007%), Synergistetes (0,007%), Chloroflexi (0,004%), Lentisphaerae (0,002%), бактерии-кандидаты типа OD1 (Parcubacteria) (0,001%), Spirochaetes (0,001%), род Helicobacter (5%) выявлены только у пациентов с язвенным колитом; отдел Gemmatimonadetes (0,009%) – только при болезни Крона.
Выводы. Идентификация кишечных микроорганизмов, ассоциированных с патогенезом воспалительных заболеваний кишечника, является крайне важным аспектом для глубокого понимания различных патогенных факторов, имеющих большое значение для раннего выявления ВЗК.