Статья: Особенности микробиоты у пациентов с различными клиническими фенотипами ХОБЛ и хронического бронхита профессиональной этиологии (2025)

Цель. Провести анализ чувствительности стрептококков различных видов к антибактериальным препаратам в отделениях многопрофильного стационара. Материалы и методы. Проведено эпидемиологическое наблюдательное описательное сплошное ретроспективное исследование. Проанализированы данные чувствительности к антибиотикам 2916 изолятов стрептококков, вне зависимости от их клинической значимости, полученных из лабораторной информационной системы «АЛИСА» ГКБ №67 им. Л. А. Ворохобова ДЗМ за период с 01.01.2017 по 31.12.2022. Исследование чувствительности стрептококков к антибиотикам проводили методом микроразведений на микробиологическом анализаторе BD Phoenix M50 в соответствии с рекомендациями EUCAST (v.2.1-v12.0, в зависимости от года тестирования изолята). Статистическую обработку с использованием программ Microsoft Excel 2010 и IBM SPSS Statistics22.

Результаты. Видовой состав выделенных стрептококков различался в зависимости от отделения. В отделении гнойной хирургии за анализируемый период чаще выделялись: S. pyogenes (28,5%), S. agalactiae (22,0%), S. anginosus (16,5%); в отделении колопроктологии – S. anginosus (41,7%), S. constellatus (16,0%), S. agalactiae (14,5%); в хирургическом отделении – S. anginosus (40,1%) и S. constellatus (31,4%); в реанимационном отделении – S. anginosus (21,8%), S. constellatus (11,3%), S. oralis (11,1%); в гинекологическом отделении – S. agalactiae (49,9%) и S. anginosus (31,3%). Значительная доля культур S. agalactiae проявляла резистентность к тетрациклину и клиндамицину во всех отделениях больницы. В отделении гнойной хирургии с 2019 г. по 2021 г. был отмечен рост устойчивости S. agalactiae к эритромицину с 15,4% до 38,3%, а в отделении колопроктологии – с 16,7% до 38,5%; также возросла устойчивость и к клиндамицину с 2018 г. по 2020 г, в гнойной хирургии с 24,2% до 71,3%, в колопроктологии – с 13,6 до 70,7%, в гинекологии – с 20,0 до 90,3%. В реанимационном отделении S. agalactiae и S. pyogenes были наиболее устойчивы к тетрациклину (79,5% и 51,3%), эритромицину (32,8% и 31,7%) и триметоприму-сульфаметоксазолу (18,5% и 26,8%). S. pneumoniae проявлял наибольший уровень резистентности к действию эритромицина (35,3%), клиндамицина (29,3%) и триметоприма-сульфаметоксазола (26,0%).

Выводы. Выявлен рост устойчивости к антимикробным препаратам у наиболее часто встречающихся видов стрептококков. Обнаружена неодинаковая чувствительность к антибиотикам стрептококков одного и того же вида в различных отделениях стационара. Отмечена тенденция к увеличению распространенности полирезистентных штаммов S. pyogenes и S. agalactiae в реанимационном и гнойно-хирургическом отделениях.

Цель. Изучить микробный состав биоптатов при воспалительных заболеваниях кишечника.

Материалы и методы. С ноября 2019 по февраль 2023 г. обследовано 100 пациентов колопроктологического отделения с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК): 65 пациентов – с язвенным колитом и 35 пациентов с болезнью Крона. Осуществлен метагеномный анализ биоптатов (ДНК-секвенатор Illumina, США), полученных в ходе эндоскопического исследования по стандартной методике, с биоиформатическим анализом данных. Разнообразие микробиомов в образцах (альфа-разнообразие) оценивали с помощью индекса Фишера. С помощью расстояния Брея-Кертиса оценивали сходство микробиомов между образцами (бета-разнообразие). Проведен анализ главных координат (PCoA) для визуализации сходства микробиомов между образцами. Статистически значимыми считали результаты при p < 0,05.

Результаты. Метагеномный анализ позволил изучить качественный и количественный состав микробиоты кишечника у пациентов с язвенным колитом и болезнью Крона. Выявлено 20 филумов микроорганизмов, в том числе 146 семейств, 336 родов, 516 видов микроорганизмов. На уровне филумов было получено два основных – Proteobacteria, Firmicutes. При сравнии изучаемые нозологические формы между собой было отмечено увеличение разнообразия бактерий филума Proteobacteria в 1,2 раза при язвенном колите. Преобладающим видом данного филума является Escherichia сoli. В свою очередь, относительная представленность кишечной палочки выше в 1,6 раз у пациентов с болезнью Крона (23,9%/14,48%). Выявлены таксономические категории, отсутствующие при том или ином виде заболевания – отделы: Cyanobacteria (0,049%), Acidobacteria (0,010), Planctomycetes (0,009%), некультивируемые бактерии-кандидаты в подразделении SR1 (Sulfur-River 1) (0,007%), Synergistetes (0,007%), Chloroflexi (0,004%), Lentisphaerae (0,002%), бактерии-кандидаты типа OD1 (Parcubacteria) (0,001%), Spirochaetes (0,001%), род Helicobacter (5%) выявлены только у пациентов с язвенным колитом; отдел Gemmatimonadetes (0,009%) – только при болезни Крона.

Выводы. Идентификация кишечных микроорганизмов, ассоциированных с патогенезом воспалительных заболеваний кишечника, является крайне важным аспектом для глубокого понимания различных патогенных факторов, имеющих большое значение для раннего выявления ВЗК.

Цель. Описать фенотипические и геномные характеристики феномена изменения уровня чувствительности к азтреонаму у клинического изолята Pseudomonas aeruginosa при формировании резистентности к колистину в условиях эволюционного эксперимента.

Материалы и методы. Объектом исследования был клинический изолят P. aeruginosa с фенотипом множественной антибиотикорезистентности. Исследование проводили на основе пространственно-временной модели формирования резистентности подвижных бактерий в возрастающей концентрации колистина. Эксперимент продолжался в течение 44 суток. По мере появления роста бактерий в зонах с повышающейся концентрацией колистина, с фронта распространения P. aeruginosa отбирали образцы в точках опережающего роста. У отобранных изолятов определяли уровни чувствительности к антибиотикам и выявляли геномные изменения.

Результаты. У исходного изолята МПК азтреонама составляла 4 мг/л, что соответствовало критерию EUCAST «чувствительный при увеличенной экспозиции» Из 74 изолятов P. aeruginosa, отобранных в ходе эксперименты, было отобрано 11 изолятов с изменившейся чувствительностью к азтреонаму. У 6 из 11 отобранных изолятов чувствительность к азтреонаму повысилась, у 5 изолятов усилилась резистентность. Генетические детерминанты резистентности, присутствующие в исходном штамме, не изменились. Изоляты, у которых восстановилась чувствительность к азтреонаму, имели набор мутаций, включающих повреждение генов pmrB (del-18bp-298-315) и davD (TGA1450- 1452→CTC). Изоляты, у которых МПК азтреонама увеличилась в 4 раза, несли различные мутационные профили. Изолят с максимальной устойчивостью к азтреонаму (МПК = 32 мг/л) имел мутацию в гене capD (del-T-360) и большую делецию 262 402 bp (239 ORF). Мутации, появлявшиеся в генах phoQ, lpxL_2, wecA, mexB, spaQ, pcpR и rpoA, не оказывали значительного влияния на уровень чувствительности к азтреонаму.

Выводы. Полученные результаты внесли вклад в понимание направлений генно-инженерного моделирования, направленного на расширение представлений о механизмах устойчивости к азтреонаму.

Цель. Определение молекулярно-биологических характеристик штаммов Candida albicans, выделенных при рецидивирующем вульвовагинальном кандидозе (РВВК), ассоциированных с формированием резистентности к препаратам азолового ряда.

Материалы и методы. В исследование было включено 36 клинических изолятов C. albicans от больных РВВК, обратившихся в НИИ медицинской микологии им. П. Н. Кашкина за амбулаторной помощью с июля по ноябрь 2024 г. Видовую идентификацию Candida spp. проводили методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и таргетного секвенирования. Чувствительность Candida spp. к противогрибковым лекарственным средствам (ПГЛС) определяли с помощью тест системы Fungus AST (Autobio Diagnostics Co, Китай) с интерпретацией пороговых значений МПК в соответствии с CLSI M27A, 2022. Нуклеотидную последовательность гена ERG11 изучали методом таргетного секвенирования на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500. Уровень экспрессии генов белков-транспортеров лекарственных препаратов CDR1, CDR2, MDR1 и FLU1 анализировали в ходе ПЦР-РВ с использованием флуоресцентного красителя EVA Green методом относительных измерений 2-ΔΔСt. Биопленкообразование штаммов C. albicans оценивали по общей клеточной массе (окрашивание водным раствором кристаллического фиолетового) и метаболической активности клеток (метод восстановления солей тетразолия). Статистическую обработку результатов проводили с использованием непараметрических критериев оценки программы SPSS v.22.0.

Результаты. 11 (30,5%) штаммов были чувствительны к флуконазолу, 6 (14,0%) – отнесены к категории «чувствительный дозо-зависимый», 20 (55,5%) – резистентны к данному ПГЛС. Все штаммы были чувствительны к полиенам, эхинокандинам и 5-флуцитозину. В работе показана корреляция между нуклеотидным полиморфизмом гена ERG11 и чувствительностью штамма к флуконазолу. Резистентные штаммы C. albicans (МПК >8 мг/л) отличались наименьшей вариабельностью и наличием в генотипе единственной миссенс-мутации T394C (Y132H), ассоциированной с устойчивостью к азолам. Предположена возможная роль A1343G (E448G), как супрессорной внутригенной мутации, нивелирующей влияние T394C (Y132H) на конформационные изменения белка Erg11. В данном аспекте необходимы дальнейшие исследования. Для генов ERG11 и FLU1 показан повышенный уровень экспрессии (р = 0,004 и р = 0,012 соответственно) у нечувствительных к флуконазолу штаммов C. albicans по сравнению с чувствительными. Статистически значимых различий в экспрессии генов белков-транспортеров лекарственных препаратов CDR1, CDR2 и MDR1 не установлено. Все изученные штаммы C. albicans образовывали биопленки in vitro. Штаммы, резистентные к флуконазолу, обладали большей метаболической активностью и клеточной массой биопленки (p = 0,011 и р = 0,012 соответственно).

Выводы. Резистентность возбудителей РВВК в Северо-Западном регионе России ассоциирована с повышенным биопленкообразованием, аминокислотной заменой Y132H и повышенным уровнем экспрессии генов ERG11 и FLU1.

Цель. Разработать модель количественной оценки экономических потерь, обусловленных нерациональным применением антимикробных препаратов и недостаточной точностью микробиологической диагностики антимикробной резистентности.

Материалы и методы. Для формирования стартовых параметров модели было проведено анкетирование по особенностям практики антимикробной терапии, значении микробиологических заключений с оценкой частоты ошибок и их последствий. Основа модели представляет взаимосвязь между точностью микробиологического заключения, вероятностью нерациональной антимикробной терапии и экономическим ущербом. С целью повышения точности и адаптивности модели были включены параметры валового регионального продукта, численность населения, структура ключевых возбудителей внебольничных и нозокомиальных инфекций, частота различных фенотипов, а также цены на антимикробные препараты.

Результаты. Бактериальные инфекции встречаются на регулярной основе в практике более 75% специалистов. В наибольшем проценте случаев на запрос консультации клинического фармаколога по вопросам терапии инфекций влияет множественная лекарственная устойчивость патогенов и неэффективность назначенной терапии. Электронное микробиологическое заключение получают 50,85% специалистов, а 65,62% – результаты из внутренней лаборатории. Однако 36% специалистов не имеют доступа к консультации специалистов лабораторной службы. Наличие связи между интерпретацией антибиотикограммы и выбором антимикробной терапии отметили 82,32% специалистов. На амбулаторном этапе легкие и умеренные последствия некорректной антимикробной терапии (АМТ) с частотой до 25% наблюдают 25,6% и 79,85% специалистов соответственно. На стационарном этапе умеренные и тяжелые последствия АМТ (частота более 25%) регистрируют 34,83% и 19,52% специалистов. Согласно разработанной модели на 1000 пациентов, вероятности ошибки 10% и с учетом заданных параметров, прямые расходы на стационарном треке составляют более 1,7 млн рублей, а общие потери достигают 18,94 млн рублей.

Выводы. Созданная экономическая модель позволяет оценить экономические последствия нерациональной антимикробной терапии, учитывая как прямые, так и косвенные затраты, и демонстрирует высокую адаптивность с учетом различных факторов. Полученные результаты подчеркивают необходимость дальнейших исследований для улучшения взаимодействия специалистов и разработки стратегий по снижению экономических потерь от антибиотикорезистентности.

Целью резолюции являлась выработка согласованной экспертной позиции по проблемным вопросам организации стратегии контроля антибиотикорезистентности и рационального применения антибактериальных препаратов.

29 мая 2025 г. состоялось заседание Совета экспертов «Цефиксим (современный пероральный цефалоспорин III поколения компании Сандоз) и его место в клинической практике», в состав которого вошли представители ведущих российских научно-исследовательских и образовательных медицинских учреждений, ведущие эксперты в области антибиотикорезистентности, пульмонологии, оторинолариногологии и педиатрии: академик РАН, доктор медицинских наук, профессор С. Н. Авдеев, член-корр. РАН, доктор медицинских наук, профессор Р. С. Козлов, доктор медицинских наук, профессор В. М. Свистушкин, доктор медицинских наук, профессор А. И. Синопальников, доктор медицинских наук, профессор О. В. Зайцева, доктор медицинских наук, профессор И. Н. Захарова, доктор медицинских наук, профессор С. К. Зырянов, доктор медицинских наук, профессор Е. П. Карпова, доктор медицинских наук, профессор Г. Н. Никифорова, доктор медицинских наук, профессор С. В. Рязанцев, кандидат медицинских наук И. В. Андреева, кандидат медицинских наук А. В. Дехнич, кандидат медицинских наук Е. В. Довгань, кандидат медицинских наук О. У. Стецюк.

Цель. Изучение фармакодинамики меропенема при его применении отдельно и в комбинации с авибактамом в динамической системе in vitro; оценка эффективности меропенема при его действии на штаммы K. pneumoniae, продуцирующие и не продуцирующие карбапенемазы; изучение влияния концентрации бактерий на активность меропенема и его эффект.

Материалы и методы. Штаммы K. pneumoniae, продуцирующие карбапенемазы типа KPC и OXA- 48, и штаммы, не продуцирующие карбапенемазы, подвергали воздействию меропенема или его комбинации с авибактамом (только продуценты карбапенемаз) в модифицированной динамической системе in vitro диализного типа, воспроизводящей фармакокинетические профили препаратов в легких человека при ежедневном 3-кратном введении на протяжении 5 суток. Оценивали эффект препаратов в отношении общей популяции K. pneumoniae при разных стартовых бактериальных титрах (106 и 108 КОЕ/мл) путем высева проб на твердые среды.

Результаты. В динамической системе in vitro эффект меропенема был бактерицидным для штаммов K. pneumoniae, не продуцирующих карбапенемазы, с МПК 2-4 мг/л, в то время как штаммы-продуценты карбапенемаз с сопоставимыми МПК меропенема преимущественно демонстрировали быстрый вторичный рост как при высокой, так и при низкой стартовой концентрации бактерий в эксперименте. Добавление авибактама приводило к усилению эффекта меропенема и снижению численности клеток всех штаммов-продуцентов при обоих стартовых инокулятах.

Выводы. На основании данных о чувствительности штаммов K. pneumoniae к меропенему, но без проверки их способности к продукции карбапенемаз, невозможно гарантировать успешный исход терапии карбапенемами как при низком (имитация легкой инфекции), так и при высоком (имитация тяжелой инфекции) стартовом титре бактерий. Добавление авибактама позволило значительно усилить эффект меропенема в отношении всех продуцентов карбапенемаз.

В этом обзоре литературы обобщены актуальные данные по использованию антиинфекционных средств при лечении абсцессов головного мозга, в частности, оториносинусогенных. Проанализированы в основном наиболее крупные публикации преимущественно последнего десятилетия, посвященные рассматриваемой проблеме. Поиск проводился по ключевым словам в базе данных PubMed. Мультидисциплинарный, командный подход с участием клинического фармаколога повышает вероятность успешного лечения интракраниальных абсцессов. При этом выбор антибиотиков должен учитывать локальные данные по антибиотикорезистентности, что в текущей литературе пока не нашло широкого отражения.

В статье проведен анализ статистических данных заболеваемости дифтерией на территории России конца ХХ – начала ХХI в., приведены абсолютные и относительные интенсивные показатели заболеваемости в целом в стране, рассмотрены закономерности развития эпидемического процесса, определена роль популяционного антитоксического поствакцинального иммунитета в борьбе с этой грозной инфекцией. Дана сравнительная характеристика заболеваемости в различных возрастных группах населения, а также иммунологического статуса всех возрастных групп, был сделан вывод о снижении иммунитета против дифтерии именно за счет взрослого контингента. Так, к 1975 г. в СССР было зарегистрировано 198 случаев дифтерии. Однако, начиная с 1976 г. заболеваемость начала стремительно расти и достигла пика к 1985 г., когда среди взрослого населения уровень иммунитета не превышал 25%. В 1990-х гг. отмечен новый подъем с пиком, зарегистрированным в 1994 г., когда всего заболело около 40 тыс. человек. С 1990 по 1996 г. дифтерией заболело 111154 человека, из них 35928 детей, 15776 подростков и 59450 взрослых; умерло 3047 человек, из них 729 детей, 37 подростков и 2281 взрослых. Далее прививками было охвачено свыше 80 млн человек, что составило около 90% взрослого населения. В результате было достигнуто значительное снижение заболеваемости, которая, начиная с 2003 г., достигла показателей спорадической, и к 2023 г. интенсивный показатель установился на уровне тысячных долей на 100 тыс. населения. Однако, не смотря на снижение общей заболеваемости дифтерией в стране, она остается актуальной социально-значимой проблемой практического здравоохранения.

В данном обзоре представлена характеристика представителей рода Weissella, в частности, W. confusa, W. cibaria и W. viridescens. Рассмотрены морфологические, культуральные, биохимические свойства данных микроорганизмов, входящих в род Weissella. Описаны особенности микроэкологии, сложности идентификации данных микроорганизмов в клинической практике. Рассмотрены клинические случаи, вызванные инфицированием представителями рода Weissella, особенности проявления и течения заболеваний, обусловленные данными возбудителями. Установлено, что микроорганизмы, относящиеся к роду Weissella, представляют опасность для иммунокомпрометированных пациентов, страдающих хроническими заболеваниями, перенесших трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток, печени и кожных лоскутов, а также пожилых пациентов. Установлено, что представители рода Weissella обладают устойчивостью к антибиотикам, таким как ванкомицин, цефотаксим, левофлоксацин, метронидазол, тейкопланин, имипенем и меропенем.

Цель. Определить роль ферритина (ФТ), прокальцитонина (ПКТ) и их соотношения (ФТ/ПКТ) в дифференциальной диагностике вирусного поражения легких и бактериальной внебольничной пневмонии (ВП).

Материалы и методы. В проспективное многоцентровое исследование включали взрослых пациентов с ВП, госпитализированных в многопрофильные стационары с июля по ноябрь 2023 г. Этиологическая диагностика включала микробиологическое исследование респираторного образца и крови (при тяжелом течении), экспресс-тесты на пневмококковую и легионеллезную антигенурию, а также молекулярное исследование респираторных образцов для выявления ДНК/РНК наиболее распространенных респираторных вирусов и трудно- или некультивируемых бактериальных возбудителей. У всех пациентов в дополнение к стандартному протоколу обследования определяли уровень ПКТ и ФТ.

Результаты. Из 152 обследованных пациентов клинически значимые возбудители обнаружены в 96 случаях, в т. ч. вирусы в 28 (29%), бактериальные возбудители в 52 (54%), ассоциации бактерий и вирусов в 16 (17%). Среди бактериальных возбудителей значительную долю (62%) занимала Mycoplasmoides pneumoniae. Сравнительный анализ пациентов с ВП бактериальной этиологии и вирусным поражением легких выявил более низкий уровень ФТ при инфицировании вирусами (127,5 против 242 мкг/л, p = 0,013), значимых различий при оценке ПКТ и соотношения ФТ/ПКТ не получено. После исключения случаев инфицирования M. pneumoniae сохранялись значимые различия ФТ – 127,5 против 338,5 мкг/л (p = 0,002), а также ПКТ – 0,1 против 0,4 нг/мл (p = 0,01). Пороговые значения ФТ >146 мкг/л (AUC = 0,76; ОШ = 8,0) и ПКТ > 0,15 нг/мл (AUC = 0,70; ОШ = 5,4) обладали прогностической ценностью для диагностики бактериальной ВП при исключении случаев инфицирования M. pneumoniae. Удвоение уровня ФТ и ПКТ ассоциировалось с повышением вероятности бактериальной ВП в 1,8 (95% ДИ: 1,3–2,9) и 1,23 (95% ДИ: 1,05–1,48) раза соответственно.

Выводы. Исследование соотношения ФТ/ПКТ не обладало достаточной диагностической точностью в дифференциации вирусного поражения легких и бактериальной ВП у взрослых пациентов в нашей популяции; при оценке ПКТ были получены значимые статистически, но не клинически значения, а определение ФТ продемонстрировало определенную диагностическую ценность, однако, для надежного использования данного биомаркера в клинической практике необходимы более крупные исследования с сопоставимыми по тяжести группами пациентов.

Антибактериальная терапия у пациентов с инфекциями мочевых путей составляет неотъемлемую часть лечения, зачастую являясь единственным этиопатогенетическим его компонентом. При этом рациональность выбора антимикробного препарата зависит как от чувствительности основных возбудителей заболевания, так и от фармакокинетических и фармакодинамических особенностей данного класса лекарственных средств. В статье приведены сведения о четвертьвековом мониторинге этиологической структуры и чувствительности уропатогенов в России, обоснованы рекомендации по выбору препаратов нитрофуранового ряда при неосложненном остром цистите.