Государственная программа как элемент системы стратегического планирования призвана логически связать осуществление бюджетных расходов с достижением долгосрочных приоритетов социально-экономического развития. В Российской Федерации подавляющую часть расходов региональных бюджетов составляют программные расходы. Вместе с тем обширная практика показывает, что несовершенство устоявшихся методологических подходов к финансированию госпрограмм снижает их результативность. Статья посвящена разработке практико-ориентированных рекомендаций по совершенствованию оценки эффективности финансирования государственных программ субъектов Российской Федерации. Методологическую основу исследования составили подходы программно-целевого бюджетирования. В качестве методов использовались логико-структурный анализ и синтез. Согласно результатам качественного анализа финансирования государственных программ регионального уровня в РФ, основной проблемой является недостаточная согласованность структуры данного финансирования и ожидаемых результатов реализации госпрограмм. Вследствие этого программно-целевой метод применяется формально. Анализ существующей методики оценки эффективности финансирования государственных программ субъектов РФ (на примере Свердловской области) показал, что фактически она оценивает не эффективность, а результативность финансирования. Сформулированы практические рекомендации по совершенствованию данной методики и развитию системы финансирования госпрограмм в субъектах Российской Федерации: следует тщательнее осуществлять декомпозицию целевых показателей, отказаться от включения в программы текущих расходов и мероприятий, ужесточить требования к составу финансирования и качеству целеполагания