В работе рассматривается проблема управления крупными сложно-структурированными религиозными некоммерческими организациями в России. Авторы анализируют существующие методы управления религиозными структурами, их применение на практике и выявляют специфические проблемные вопросы. Отмечается, что, несмотря на активную разработку научным сообществом тем управления некоммерческими организациями, особенности управления религиозными организациями проработаны недостаточно. Подчеркивается сложность оценки эффективности деятельности религиозных организаций, что происходит из-за дуализма ценностей организаций. Предлагается системный подход к изучению проблемы и необходимость разработки методики оценки эффективности деятельности религиозных организаций.