Статья: АЛГОРИТМЫ ПЕРВИЧНОГО АНАЛИЗА ЛОКАЛЬНЫХ ОБЪЕКТОВ ФЛУОРЕСЦЕНЦИИ В СЕКВЕНАТОРЕ ДНК "НАНОФОР СПС" (2024)

Читать онлайн

В секвенаторе ДНК «Нанофор СПС», разработанном в Институте аналитического приборостроения РАН, реализован метод массового параллельного секвенирования для расшифровки последовательности нуклеиновых кислот. Этот метод позволяет определять последовательность нуклеотидов в ДНК или РНК, содержащих от нескольких сотен до сотен миллионов звеньев мономеров. Таким образом, имеется возможность получения подробной информации о геноме различных биологических объектов, в том числе человека, животных и растений. Важнейшей частью этого прибора является программное обеспечение, без которого невозможно решение задач по расшифровке генома. Выходными данными оптической детекции в секвенаторе являются набор изображений по четырем каналам, соответствующим типам нуклеотидов: A, C, G, T. С помощью специального программного обеспечения определяется положение молекулярных кластеров и их интенсивностные характеристики вместе с параметрами окружающего фона. В ходе создания программного обеспечения прибора были разработаны алгоритмы и программы обработки сигналов флуоресценции, рассмотренные в работе. Также, для отладки и тестирования рабочих программ созданы модели построения изображений, аналогичных реальным данным, получаемым в ходе работы секвенатора. Данные модели позволили получить значительный массив информации без запуска дорогостоящих экспериментов. За последние годы достигнуты значительные успехи в области машинного обучения, в том числе и в области биоинформатики, что привело к реализации наиболее распространенных моделей и возможности их применения для практических задач. Однако, если на этапе вторичного анализа биоинформационных данных эти методы широко зарекомендовали себя, то их потенциал для первичного анализа остается недостаточно раскрытым. В данной работе особое внимание уделяется разработке и внедрению методов машинного обучения для первичного анализа оптических изображений сигналов флуоресценции в реакционных ячейках. Описаны методы кластеризации и их апробация на моделях и на изображениях, полученных на приборе. Цель этой статьи - продемонстрировать возможности алгоритмов первичного анализа сигналов флуоресценции, получающихся в процессе секвенирования на приборе «Нанофор СПС». В работе описаны основные задачи анализа сигналов флуоресценции и сравниваются традиционные методы их решения с использованием технологий машинного обучения.

Ключевые фразы: секвенирование, НУКЛЕИНОВАЯ КИСЛОТА, МЕТОДЫ ОБРАБОТКИ СИГНАЛОВ ФЛУОРЕСЦЕНЦИИ ДНК И РНК, АНАЛИЗ ИЗОБРАЖЕНИЙ, машинное обучение
Автор (ы): Манойлов Владимир Владимирович (Manoylov V. V.), Бородинов Андрей Геннадьевич (Borodinov A. G.), Заруцкий Игорь Вячеславович (Zarutskiy I. V.), Петров Александр Иванович (Petrov A. I.), Сараев Алексей Сергеевич (Saraev A. S.), Курочкин Владимир Ефимович (Kurochkin V. E.)
Журнал: ИНФОРМАТИКА И АВТОМАТИЗАЦИЯ

Идентификаторы и классификаторы

УДК
543.07. Аналитическая измерительная техника. Аналитические приборы и оборудование
543.08. Принципы, методы измерения. Регистрация и обработка результатов
57.087. Методы и техника для оценки параметров и биологических данных
eLIBRARY ID
68499953
Для цитирования:
МАНОЙЛОВ В. В., БОРОДИНОВ А. Г., ЗАРУЦКИЙ И. В., ПЕТРОВ А. И., САРАЕВ А. С., КУРОЧКИН В. Е. АЛГОРИТМЫ ПЕРВИЧНОГО АНАЛИЗА ЛОКАЛЬНЫХ ОБЪЕКТОВ ФЛУОРЕСЦЕНЦИИ В СЕКВЕНАТОРЕ ДНК "НАНОФОР СПС" // ИНФОРМАТИКА И АВТОМАТИЗАЦИЯ. 2024. Т. 23 № 4
Текстовый фрагмент статьи
Моя история просмотров (10)