55 лет Отделу экологии вирусов с Научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа (Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России) (2024)
В статье приведены исторические аспекты и основные результаты работы Отдела экологии вирусов (ОЭВ) с Научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа, который был организован в 1969 г. на базе Института вирусологии им. Д.И. Ивановского АМН СССР.
Деятельность ОЭВ на протяжении более 50 лет была направлена на разработку фундаментальных проблем экологии вирусов, включая вопросы формирования популяционных генофондов вирусов в природе, и проведение комплексных крупномасштабных исследований в интересах биобезопасности государства.
Основное внимание в работе отдела посвящено проблемам особо опасных (арбовирусных) и социально значимых (грипп и другие ОРВИ, парентеральные гепатиты) вирусных инфекций.
В результате этой крупномасштабной работы на территории Северной Евразии были изолированы более 2 тыс. штаммов зоонозных вирусов (17 родов, 8 семейств), экологически связанных с различными видами членистоногих переносчиков и позвоночных хозяев.
Многие из них были зарегистрированы в международных каталогах в качестве новых видов. Изучена роль выделенных вирусов в патологии человека, описаны новые вирусные инфекции, разработаны диагностические препараты. Полученные в отделе научные результаты имеют высокий приоритет и признаны на мировом уровне.
Идентификаторы и классификаторы
Статья посвящена юбилейным событиям: 300-летию Российской академии наук, 225-летию Военно-медицинской академии, 80-летию Института вирусологии им. Д.И. Ивановского, а также 110-й годовщине со дня рождения советского вирусолога В.М. Жданова. Прочный фундамент медико-биологического направления изучения вирусных инфекций
в интересах биологической безопасности государства был создан нашими великими предшественниками, прежде всего это академики вирусологи М.П. Чумаков, А.А. Смородинцев, В.М. Жданов, создатель доктрины природной очаговости инфекционных болезней Е.Н. Павловский.
Список литературы
- Львов Д.К., Альховский С.В., Жирнов О.П. 130 лет вирусологии. Вопросы вирусологии. 2022; 67(5): 357–84. https://doi. org/10.36233/0507-4088-140 https://elibrary.ru/qhembl
- Langmuir A.D., Andrews J.M. Biological warfare defense. 2. The Epidemic Intelligence Service of the Communicable Disease Center. Am. J. Public Health Nations Health. 1952; 42(3): 235–8.
https://doi.org/10.2105/ajph.42.3.235 - Langmuir A.D. The Epidemic Intelligence Service of the Center for Disease Control. Public Health Rep. 1980; 95(5): 470–7.
- Goodman R.A., Bauman C.F., Gregg M.B., Videtto J.F., Stroup D.F., Chalmers N.P. Epidemiologic
field investigations by the Cen- ters for Disease Control and Epidemic Intelligence Service, 1946– - Public Health Rep. 1990; 105(6): 604–10.
- Львов Д.К., Лебедев А.Д. Экология арбовирусов. М.: Медицина; 1974.
- Цилинский Я.Я., Львов Д.К. Популяционная генетика вирусов позвоночных. М.: Медицина; 1977.
- Жданов В.М., Львов Д.К. Экология возбудителей инфекций. М.: Медицина; 1984.
- Львов Д.К., Мошкин А.В., Пузаченко Ю.Г. Информационный анализ ареалов арбовирусов. Вестник Московского университета. Серия 5: География. 1967; (3): 78–86.
- Львов Д.К., Клименко С.М., Гайдамович С.Я., Березина Л.К. Арбовирусы и арбовирусные инфекции. М.: Медицина; 1989.
- L’vov D.K. Ecological sounding of the USSR territory for natural foci of arboviruses. In:
Virology Reviews (Soviet Medical Reviews Section E). London: Harwood Academic Publishers; 1993: 31–47. - L’vov D.K. Arboviral zoonoses of Northern Eurasia (Eastern Europe and the commonwealth of
independent states). In: Beran G.W., ed. Handbook of Zoonoses, Second Edition. Section B: Viral
Zoonoses. CRC Press; 2017: 237–60. https://doi.org/10.1201/9780203752463 https://elibrary.ru/lyrsnj - Львов Д.К. Экология вирусов. Вестник Академии медицинских наук СССР. 1983; (12): 71–82.
- Львов Д.К. Значение новых и возвращающихся инфекций для биобезопасности. Вопросы вирусологии. 2002; 47(5): 4–7.
- Львов Д.К. Рождение и развитие вирусологии – история изучения новых и возвращающихся инфекций. Вопросы вирусологии. 2012; (S1): 5–20. https://elibrary.ru/qjanrj
- Львов Д.К., Гулюкин М.И., Забережный А.Д., Гулюкин А.М. Формирование популяционного генофонда потенциально угрожающих биобезопасности зоонозных вирусов. Вопросы вирусологии. 2020; 65(5): 243–58. https://doi.org/10.36233/0507- 4088-2020-65-5-1 https://elibrary.ru/kprmam
- Львов Д.К., ред. Организация эколого-эпидемиологического мониторинга территорий Российской Федерации с целью про- тивоэпидемической защиты населения и войск: Методические рекомендации. М.: МЗ РФ; 1993.
- Львов Д.К., ред. Медицинская вирусология. М.: МИА; 2008. https://elibrary.ru/qlqvsr
- Львов Д.К., ред. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. Руководство по вирусологии. М.: МИА; 2013. https:// elibrary.ru/tlzmhf
- L’vov D.K., Shchelkanov M.Y., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern
Eurasia: Taxonomy and Ecology. London: Elsevier Academic Press; 2015. - Львов Д.К., Альховский С.В. Отряд Bunyavirales. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; (4): 15–9. https://doi. org/10.21055/0370-1069-2018-4-15-19 https://elibrary.ru/ytehil
- Львов Д.К., Борисевич С.В., Альховский С.В., Бурцева Е.И. Актуальные подходы к анализу вирусных геномов в интересах биобезопасности. Инфекционные болезни: новости, лечение, обучение. 2019; 8(2): 96–101. https://doi.org/10.24411/2305-3496-2019-12012 https://elibrary.ru/xbkmpl
- Львов Д.К., Писарев В.Б., Петров В.А., Григорьева Н.В. Лихорадка Западного Нила по материалам вспышек в Волгоградской области в 1999–2002 гг. Волгоград; 2004.
- Львов Д.К., Ковтунов А.И., Яшкулов К.Б., Громашевский В.Л., Джаркенов А.Ф., Щелканов М.Ю. и др. Особенности циркуляции вируса Западного Нила (Flaviviridae, Flavivirus) и некоторых других арбовирусов в экосистемах дельты Волги, Волго-Ахтубинской поймы. Вопросы вирусологии. 2004; 49(3):45–52. https://elibrary.ru/oiwqlx
- L’vov D.K., Butenko A.M., Gromashevsky V.L., Kovtunov A.I., Prilipov A.G., Kinney R, et al.
West Nile virus and other zoonot- ic viruses in Russia: examples of emerging-reemerging situations. Arch. Virol. Suppl. 2004; (18): 85–96. https://doi.org/10.1007/978- 3-7091-0572-6_7 - Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.Л., Бутенко А.В., Галки- на И.В., Громашевский В.Л. и др. Атлас распространение возбудителей природно-очаговых вирусных инфекций по территории Российской Федерации. М.; 2001. https://elibrary.ru/tzngoh
- L’vov D.K. Viral Hepatitis. In: Man against viruses. Venice: UNE- SCO.Venice; 1994: 159–205.
- Львов Д.К., Миширо С., Селиванов Н.А. Распространение генотипов вируса гепатита С,
циркулирующих на территории Северо-Западной и Центральной частей России. Вопросы вирусологии. 1995; 40(6): 251–3. - Львов Д.К. Вирусный гепатит С – «ласковый убийца». Российский гастроэнтерологический журнал. 1995; (1): 4–6.
- L’vov D.K., Samokhvalov E.I., Tsuda F., Selivanov N.A., Okamo- to H., Stakhanova V.M., et al.
Prevalence of hepatitis C virus and distribution of its genotypes in Northern Eurasia. Arch. Virol.
1996; 141(9): 1613–22. https://doi.org/10.1007/bf01718286 - Львов Д.К. Вирусные гепатиты. Вестник Российской академии медицинских наук. 1996; (6): 25–31.
- Львов Д.К., Ильичев В.Д. Миграция птиц и перенос возбудите лей инфекции. М.: Наука; 1979.
- L’vov D.K. Circulation of influenza virus in natural biocenosis. In: Kurstak E., Maramorosh K.,
eds. Viruses and Enviroment. New York: Academic Press; 1978: 351–80. - Львов Д.К. Эволюция возбудителей новых и возвращающихся инфекций в Северной Евразии – глобальные последствия. В кн.: Львов Д.К., Урываев Л.В., ред. Изучение эволюции виру сов в рамках проблемы биобезопасности и социально-значимых инфекций: Материалы научной конференции. М.; 2001: 5–16.
- L’vov D.K. Influenza A virus – a sum of populations with a common protected gene pool. In:
Virology Reviews (Soviet Medical Reviews Section E). Glasgow: Harwood Academic Press; 1987: 15–37. - Львов Д.К., Ямникова С.С., Федякина И.Т., Аристова В.А., Львов Д.Н., Ломакина Н.Ф. и др.
Экология и эволюция вирусов гриппа в России (1979–2002 гг.). Вопросы вирусологии. 2004; 49(3): 17–25. https://elibrary.ru/oiwqjz - Львов Д.К. Популяционные взаимодействия в биологической системе: вирус гриппа А – домашние животные – человек; причины и последствия проникновения на территорию России высоковирулентного вируса гриппа A/H5N1. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006; 83(3):96–100. https://elibrary.ru/htqbwt
- Lvov D.K, Kaverin N.V. Avian Influenza in Northern Eurasia. In: Klenk H.D., Matrosovich M.N.,
eds. Avian Influenza. Basel: Karg- er; 2008: 41–58. - Львов Д.К., Алипер Т.И., Дерябин П.Г., Забережный А.Д., Гребенникова Т.В., Сергеев В.А. Вакцина против гриппа птиц инактивированная эмульгированная ФЛУ ПРОТЕКТ Н5 и способ профилактики гриппа птиц. Патент РФ № 23503350; 2009. https://elibrary.ru/kiwowi
- L’vov D.K., Shchelkanov M.Y., Prilipov A.G., Vlasov N.A., Fe- dyakina I.T., Deryabin P.G., et
al. Evolution of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in natural ecosystems of northern
Eur- asia (2005-08). Avian Dis. 2010; 54(1 Suppl.): 483–95. https://doi.
org/10.1637/8893-042509-review.1 - Львов Д.К. Грипп и другие новые и возвращающиеся инфекции Северной Евразии: глобальные последствия. Федеральный справочник «Здравоохранение России». 2010; 11: 209–19.
- Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Бовин Н.В., Малышев Н.А., Чучалин А.Г., Колобухина Л.В. и др. Корреляция между рецепторной специфичностью штаммов пандемического вируса гриппа A(H1N1)pdm09, изолированных в 2009-2011 гг., структурой рецепторсвязывающего сайта и вероятностью развития летальной первичной вирусной пневмонии. Вопросы вирусологии. 2012; 57(1): 14–20. https://elibrary.ru/oximwz
- Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Федякина И.Т., Бовин Н.В., Игнатьева А.В. и др.
Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019-2020 в отдельных регионах России. Вопросы вирусологии. 2020; 65(6): 335–49. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-6-4 https:// elibrary.ru/iazfkl - Львов Д.К., Альховский С.В., Колобухина Л.В., Бурцева Е.И. Этиология эпидемической вспышки COVID-19 в г. Ухань (провинция Хубэй, Китайская Народная Республика), ассоциированной с вирусом 2019-nCoV (Nidovirales, Coronaviridae, Coro- navirinae, Betacoronavirus, подрод Sarbecovirus): уроки эпидемии SARS-CoV. Вопросы вирусологии. 2020; 65(1): 6–16. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-1-6-15 https://elibrary.ru/lswqbc
- Львов Д.К., Альховский С.В. Истоки пандемии COVID-19: экология и генетика коронавирусов (Betacoronavirus: Corona- viridae) SARS-CoV, SARS-CoV-2 (подрод Sarbecovirus), MERS- CoV (подрод Merbecovirus). Вопросы вирусологии. 2020; 65(2): 62–70.
https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-2-62-70 https://elibrary.ru/hnouwn - Alkhovsky S., Lenshin S., Romashin A., Vishnevskaya T., Vyshem- irsky O., Bulycheva Y., et al.
SARS-like Coronavirus in Horseshoe Bats (Rhinolophus spp.) in Russia, 2020. Viruses. 2022; 14(1): - https://doi.org/10.3390/v14010113
- L’vov D.K., Alkhovsky S.V. A brief historical overview of the dis- covery of arboviruses in the
USSR and Russia. In: Vasilakis N., Kramer L.D., eds. History of Arbovirology: Memories from the
Fields, Volume II: Virus Family and Regional Perspectives, Mo lecular Biology and Pathogenesis.
Cham: Springer; 2023: 119–46. https://doi.org/10.1007/978-3-031-22003-6_8
Выпуск
Другие статьи выпуска
В первые 20 лет наступившего ХХI века практически ежегодно регистрировались вспышки вирусных инфекций. Становится все более ясным, что эпидемии смертоносных заболеваний будут возникать и впредь, до тех пор, пока человечество не изменит своего разрушительного отношения к природе. Возникает вопрос для дискуссии ‒ достаточно ли существующего арсенала противовирусных средств, чтобы противостоять
сложившейся неблагоприятной социально-экономической ситуации в мире?
Введение:
Респираторно-синцитиальный вирус крупного рогатого скота (Pneumoviridae: Orthornavirae, Or-thopneumovirus; Bovine respiratory syncytial virus, BRSV, Bovine orthopneumovirus) ‒ один из возбудителей респираторных заболеваний животных.
Актуально изучение частоты выявления агента у восприимчивых особей и его генетического разнообразия.
Цель работы:
Изучение частоты выявления вируса BRSV от больных животных методом ОТ-ПЦР и генетического полиморфизма изолятов на основе определения полной нуклеотидной последовательности гена гликопротеина G.
Материалы и методы:
Для выявления генома BRSV использовали последовательности участка гена гликопротеина F размером 381 п.н., а для филогенетического анализа ‒ полные нуклеотидные последовательности гена G. Филогенетические дендрограммы строили с использованием метода максимального правдоподобия в программе MEGA 7.0.
Результаты:
При вспышках массовых респираторных болезней РНК BRSV выявляли у животных всех возрастов в пробах легких, носовых выделений, слизистой оболочки трахеи, легочных лимфатических узлов.
В результате сиквенса получили полные нуклеотидные последовательности гена гликопротеина G размером 771 п.н. для 5 изолятов вируса и размером 789 п.н. для двух изолятов, нуклеотидное сходство между которыми составило 87‒100%. По результатам филогенетического анализа исследуемые изоляты отнесены к подгруппам вируса II и III, в каждую из которых вошли по два изолята соответственно.
Отдельную кладу образовал изолят K18, выделенный от животных, завезенных из Канады, а также образцы вакцин, содержащих аттенуированный штамм «375».
Заключение:
Геном вируса BRSV присутствовал у коров и нетелей в 20 и 14,3% случаев соответственно,
у телят в возрасте до 1 мес ‒ в 3,05%, у телят в возрасте от 1 до 6 мес ‒ в 6,7%. Полный анализ нуклеотидной последовательности гена G является полезным инструментом для изучения молекулярной эпизоотологии респираторно-синцитиальной инфекции крупного рогатого скота в конкретном регионе.
Введение:
Гепатит В является актуальной проблемой общественного здравоохранения во всем мире. На клиническое течение заболевания, особенно на его склонность к хронизации инфекции и развитию устойчивости к терапии, значительное влияние оказывают генотип и специфические мутации вируса гепатита В (ВГВ). С учетом сохраняющейся важности эпидемиологического контроля и профилактики заболевания, существует необходимость в простом, высокочувствительном и надежном методе секвенирования полного генома ВГВ.
Цель работы:
Создание и апробация амплификационной панели для полногеномного секвенирования ВГВ.
Материалы и методы:
В настоящей работе мы представляем амплификационную панель NGS, предназначенную для секвенирования генома ВГВ на платформе Illumina. Панель, состоящая из 54 праймеров, разделенных на 2 пула и амплифицирующих перекрывающиеся участки генома ВГВ длиной до 300 п.н., была апробирована на 246 образцах ДНК ВГВ, выделенных из крови.
Результаты:
Исследуемая выборка представляла собой широкое генотипическое разнообразие вируса, с выраженным преобладанием генотипа, характерного для Московского региона: 216 образцов были определены как генотип D, 27 – как генотип A, 2 – генотип B и 1 – генотип E. Пять образцов содержали по меньшей мере одну мутацию, связанную с устойчивостью к противовирусной терапии, в 23 образцах была найдена по меньшей мере одна мутация, связанная с ускользанием от поствакцинального ответа.
Заключение:
В работе детально изложены этапы проведения полногеномного секвенирования ВГВ, приведены лабораторный протокол, нуклеотидные последовательности используемых праймеров и подход к анализу полученных данных. На примере выборки клинических образцов показана состоятельность применяемой панели. Панель для секвенирования ВГВ обладает большим потенциалом для использования в научных исследованиях, эпидемиологическом мониторинге и развитии методов персонализированной медицины.
Введение:
Открытие двух типов вируса ЭпштейнаБарр (ВЭБ) ‒ ВЭБ-1 и ВЭБ-2 ‒ стимулировало изучение их распространенности в популяциях и связи со злокачественными опухолями.
Цель исследования:
Изучить персистенцию ВЭБ-1 и ВЭБ-2 среди этносов России, проанализировать
ПЦР-продукты гена LMP1 в изолятах вируса и оценить вклад типов ВЭБ в заболеваемость злокачественными новообразованиями.
Материалы и методы:
Изоляты ВЭБ, амплифицированные из смывов ротовой полости представителей
республик Адыгея, Калмыкия, Татарстан и Московской области (МО), изучали методом гнездной ПЦР на принадлежность к ВЭБ-1 и ВЭБ-2. Ампликоны LMP1, полученные с помощью ПЦР в реальном времени из ДНК вирусных изолятов, подвергали классификации и секвенированию на автоматическом секвенаторе ДНК ABI PRISM 3100-Avant (США), а результаты секвенирования анализировали с помощью программ Chromas 230 и Vector NT (Invitrogen, США). Достоверность полученных данных оценивали с помощью статистических пакетов Statistica for Windows 10.0.
Результаты:
Показатели распространенности ВЭБ-1 и ВЭБ-2 у представителей четырех этносов сравни-
вали с уровнями заболеваемости некоторыми опухолями у населения трех республик и МО. Доминирующая персистенция трансформирующего in vitro ВЭБ-1 у представителей Татарстана и МО коррелировала среди населения этих территорий с высокой заболеваемостью раком желудка и лимфомами. Напротив, преобладающее инфицирование не трансформирующим in vitro ВЭБ-2 представителей Адыгеи и обоими
типами вируса примерно у одинакового процента представителей Калмыкии коррелировало с более низкой заболеваемостью вышеуказанными опухолями населения этих республик. Различия между показателями заболеваемости указанными новообразованиями в сравниваемых этнических популяциях были статистически недостоверными (р > 0,05). Обнаруженные варианты LMP1 не отражали ни уровень персистенции типов ВЭБ, ни частоту возникновения опухолей.
Заключение:
Инфицированность этносов ВЭБ-1 и ВЭБ-2 может существенно различаться под влиянием
разных ф
Основная цель настоящей работы заключалась в определении особенностей циркуляции разных вирусных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2022–2023 гг. на фоне продолжающейся эволюционной изменчивоcти вируса SARS-CoV-2.
Материалы и методы:
В статье использованы методы, применяемые в «традиционном» и «госпитальном» эпидемиологическом надзоре за ОРВИ.
Результаты и обсуждение:
На фоне относительно низкой активности SARS-CoV-2 и его новых вариантов период с октября 2022 г. по сентябрь 2023 г. характеризовался ранней и высокой активностью вируcа гриппа A(H1N1)pdm09 (ноябрь–декабрь), на смену которому пришел вирус гриппа В (январь–март); активность вируса гриппа A(H3N2) была крайне низкой.
По антигенным свойствам популяции эпидемических штаммов были близкородственны вирусам, входившим в состав гриппозных вакцин и рекомендованных экспертами Всемирной организации здравоохранения для текущего сезона в странах Северного полушария.
Подтверждена эффективность вакцинопрофилактики гриппа у привитых (75,0%). Все изученные штаммывирусов гриппа A(H1N1)pdm09, A(H3N2) и В сохранили чувствительность к препаратам с антинейраминидазной активностью.
Структура и долевое участие других возбудителей ОРВИ по сравнению с предыдущим сезоном несколько изменились: выявлена тенденция к росту активности HAdV и HMPV, практически равнозначная активность HRsV, HRV, HCoV и HBoV и снижение активности HPIV.
При этом частота других возбудителей ОРВИ не достигла показателей предпандемического по COVID-19 периода. Дано обоснование актуализации состава гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2023–2024 гг.
Арбовирусные инфекции, передающиеся человеку в основном через членистоногих переносчиков, представляют собой значительную глобальную угрозу здоровью населения. Арбовирусы, такие как вирусы денге, Зика, чикунгунья и Западного Нила, продолжают вызывать широкомасштабные вспышки заболеваний, что требует применения современных средств диагностики.
Новые технологии, такие как «Лаборатория на чипе» (LOC), «Лаборатория на диске» (LOAD), микрофлюидические аналитические устройства на бумажной основе (µPADS), иммунохроматографический анализ (ИХА), CRISPR-CAS 12/13, кварцевые микровесы (QCM) и нанотехнологии, оцениваются с точки зрения их потенциала для улучшения диагностики арбовирусов, поскольку они предлагают быстрые, точные и точечные решения. Кроме того, выявление надежных биомаркеров, включая воспалительные цитокины, антитела, продукты активации эндотелия и индикаторы повреждения тканей или органов, имеет решающее значение для лучшего понимания патогенеза заболевания, прогноза и ответа на лечение.
Всесторонний анализ потенциальных методов диагностики и биомаркеров арбовирусных инфекций проливает свет на развивающиеся стратегии борьбы с этими значимыми для медицины заболеваниями, что в конечном итоге способствует повышению эффективности надзора, диагностики и лечения во всем мире.
Вирусы герпеса человека 6А и 6B (ВГЧ-6А и ВГЧ-6В) являются убиквитарными патогенами. Спектр клинических проявлений инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, достаточно широк. Современные представления о ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, включая их хромосомноинтегрированную форму, являются основой для создания системы эпидемиологического мониторинга ассоциированных с данными вирусами инфекций. В статье затрагиваются вопросы эпидемиологии и диагностики инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, в том чиcле у
пациентов после трансплантации солидных органов и аллогенных гемопоэтических стволовых клеток.
Издательство
- Издательство
- ВНПОЭМП
- Регион
- Россия, Москва
- Почтовый адрес
- 111123, город Москва, Новогиреевская ул, д. 3а, этаж/помещ. 3/IX ком. 33
- Юр. адрес
- 111123, город Москва, Новогиреевская ул, д. 3а, этаж/помещ. 3/IX ком. 33
- ФИО
- Акимкин Василий Геннадьевич (ПРЕДСЕДАТЕЛЬ ПРЕЗИДИУМА)
- E-mail адрес
- vnpoemp@gmail.com
- Контактный телефон
- +7 (925) 0118779