Статья: МОДЕЛИРОВАНИЕ БЕЛКОВОЙ СТРУКТУРЫ α -СУБЪЕДИНИЦЫ БИФЕНИЛ 2,3-ДИОКСИГЕНАЗЫ (BPHA1) ШТАММА R. WRATISLAVIENSIS CН628 (2025)

Читать онлайн

Выполнено моделирование трёхмерной структуры α-субъединицы бифенил диоксигеназы (BphA1) штамма Rhodococcus wratislaviensis CH628 с использованием программ MODELLER, AlphaFold и trRosetta. Нуклеотидная последовательность гена bphA установлена при анализе полногеномной последовательности штамма в системе RAST. Филогенетический анализ bphAСН628 показал высокую степень сходства с α-субъединицей нафталин диоксигеназы (narA). Для оценки качества полученных моделей использовались программы ERRAT, VERIFY3D и PROCHECK. Модель BphA1СН628, построенная с помощью MODELLER, продемонстрировала наивысшую структурную точность, в то время как модель BphA1СН628 AlphaFold лучше предсказала активный центр фермента. Анализ активного центра показал консервативность ключевых аминокислот, участвующих в катализе, что подтверждает функциональную схожесть с нафталин диоксигеназой. Полученные результаты открывают перспективы для дальнейшего исследования BphA1 в контексте его применения в биоремедиации.

Ключевые фразы: бифенил диоксигеназа, моделирование белков, alphafold, modeller, trrosetta, активный центр, rhodococcus
Автор (ы): КИРЬЯНОВА ТАТЬЯНА ДЕНИСОВНА
Журнал: ВЕСТНИК ПЕРМСКОГО УНИВЕРСИТЕТА. СЕРИЯ: БИОЛОГИЯ

Предпросмотр статьи

Идентификаторы и классификаторы

SCI
Биология
УДК
577.151. Общие проблемы и исследование ферментов: структура, специфичность, происхождение, свойства (специфические типы ферментов)
577.29. Другие вопросы, связанные с исследованием биологических систем на молекулярном уровне
579.22. Биохимия и физиология микроорганизмов
Для цитирования:
КИРЬЯНОВА Т. Д. МОДЕЛИРОВАНИЕ БЕЛКОВОЙ СТРУКТУРЫ Α -СУБЪЕДИНИЦЫ БИФЕНИЛ 2,3-ДИОКСИГЕНАЗЫ (BPHA1) ШТАММА R. WRATISLAVIENSIS CН628 // ВЕСТНИК ПЕРМСКОГО УНИВЕРСИТЕТА. СЕРИЯ: БИОЛОГИЯ. 2025. № 1
Текстовый фрагмент статьи