Публикации автора

ВВЕДЕНИЕ. Метод маркер-ассоциированной селекции основан на ускоренном отборе сельскохозяйственных животных по ДНК-маркерам ценных признаков. По результатам полногеномного ассоциативного исследования частоты встречаемости отдельных однонуклеотидных полиморфизмов с использованием ДНК-биочипов были идентифицированы гены-кандидаты, в число которых входил ген CNTN3. Прямые экспериментальные данные об экспрессии гена CNTN3 у мериносовых пород овец в настоящее время отсутствуют. Таким образом, существует пробел в знаниях о структурных вариантах гена CNTN3 и их связи с продуктивными качествами.

ЦЕЛЬ. Изучение структуры гена CNTN3 у овец породы манычский меринос и обнаружение в нем полиморфизмов, ассоциированных с показателями мясной продуктивности для их дальнейшего применения в маркер-опосредованной селекции.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ. Материалом для исследования послужила геномная ДНК из образцов крови баранов породы манычский меринос. Секвенирование проводили с использованием геномного секвенатора NovaSeq 6000 (Illumina, Inc., США). Сборку генома проводили с помощью ARS-UI_Ramb_v2.0 NCBI (National Center for Biotechnology Information). Для описания обнаруженных однонуклеотидных замен использовалась номенклатура HGVS (Human Genome Variation Society).

РЕЗУЛЬТАТЫ. В результате секвенирования гена CNTN3 было обнаружено 7232 полиморфизма. Из их числа выявлены группы полиморфизмов (27297434, 27297454, 27297488), демонстрирующих максимальную статистическую значимость ассоциаций с признаками мясной продуктивности у овец. Обнаружены новые структурные варианты (дупликация в позиции 27337036 и однонуклеотидные замены в локусах 27097370 и 27418238).

ЗАКЛЮЧЕНИЕ. Полученные результаты исследования структуры гена CNTN3 показывают его связь с живой массой, а выявленные полиморфизмы могут быть использованы как молекулярные маркеры для селекции овец мериносового направления.

Выявление генов-кандидатов и генетических маркеров, связанных с показателями мясной продуктивности у овец российских пород с использованием полногеномного поиска ассоциаций ( genome-wide association studies, GWAS) является перспективным направлением генетических исследований.

Нами проведен полногеномный поиск ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с толщиной жира в поясничной области у овец породы российский мясной меринос. Объектом исследований являлись бараны в возрасте 12 месяцев (n = 50). С помощью переносного УЗИ-сканера определяли толщину жира на уровне 1-2-го поясничного позвонка. Генотипирование животных выполнялось с использованием ДНК-биочипов Ovine Infinium HD BeadChip 600K.

В результате проведенного GWAS у овец породы российский мясной меринос было выявлено 14 SNP, связанных с показателем «толщина жира». Большинство SNP располагались в межгенном пространстве. Один SNP локализовался в экзоне, два - в интроне генов.

Три замены находились рядом с геном малой ядерной РНК, а одна - с геном некодирующей РНК. На основании расположения анализируемых SNP в геноме было предложено 5 новых генов-кандидатов, ассоциированных с толщиной жира в поясничной области у овец породы российский мясной меринос: KCNH8, MTERF4, RYBP, NDST3, ENSOARG00000004203.

Целью дальнейших исследований должно стать изучение структуры этих генов для выявления механизма их влияния на фенотип животных, а выявленные SNP могут использоваться в качестве новых молекулярных маркеров в селекционной работе.