Статья посвящена рассмотрению практических аспектов функционирования системного подхода к управлению рисками, основанного на Государственной интегрированной информационной системе «Электронный бюджет» посредством использования системы риск-контроллинга. Анализируются перспективы, возможности и преимущества использования системы риск-контроллинга для обеспечения эффективного управления финансовыми ресурсами и контроля за рисками. Внедрение и функционирование системы риск-контроллинга на основе Государственной интегрированной информационной системы «Электронный бюджет» является целесообразным процессом, так как существующий инструментарий не позволяет осуществлять риск-контроллинг в силу наличия у отдельных инструментов определенной специфики. Так, «Риск-мониторинг» как инструмент организации контроля, с учетом доработки в рамках специфики риск-контроллинга, позволит перейти к качественно иному методу оценки эффективности деятельности организаций бюджетной сферы.