Роковым в судьбе города Калязина стал 1940 г., когда значительная его часть была затоплена водами Волги в связи с созданием Угличского водохранилища. Напоминанием об этой трагедии служит сегодня стоящая в центре реки колокольня главного городского собора. Тогда же были разобраны находящиеся на противоположном берегу Волги постройки известного с XV в. Троицкого Макарьева Калязина монастыря. В его состав, помимо каменных сооружений первой трети XVI в. (собор и трапезная), входило немало каменных зданий XVII столетия. Святые ворота с церковью Макария чудотворца стали одной из первых каменных «послесмутных» построек (а возможно, созданных даже в последние годы Смуты начала XVII в.). Есть основания полагать, что и надвратный Макариевский храм — это первая каменная шатровая церковь, созданная в 1610-е годы на Руси. Особое внимание к Калязинской обители первого русского царя из династии Романовых Михаила Федоровича способствовало тому, что в первой половине 1620-х годов в монастыре начались масштабные строительные работы, получившие продолжение при его сыне Алексее Михайловиче. В итоге к середине XVII в. был не только обновлен собор и капитально перестроена трапезная. В этот период возвели новую колокольню и несколько каменных жилых корпусов. В 1640-х годах монастырь был обнесен мощными крепостными стенами с башнями. Проведенные в 1620–1640-х годах грандиозные архитектурно-строительные мероприятия сформировали на его базе корпорацию калязинских зодчих, которые впоследствии были задействованы не только в кашинско-калязинских землях, но и далеко за пределами бывшего Тверского княжества