В статье обосновывается применение комплексного подхода к диагностике системных проблем в управлении интеллектуальной собственностью в регионах на основе трехуровневой модели (макро-, мезо-, микроуровень). С целью объективной сравнительной оценки предложен метод кластерного анализа, позволивший выявить типологические группы субъектов РФ со схожими конфигурациями показателей развития ИС. Для количественной оценки институциональных пробелов разработан Индекс полноты нормативной базы. Методология приведена на примере Донецкой Народной Республики и 48 регионов России. Установлено, что ДНР относится к кластеру регионов с экзогенно обусловленным высоким темпом экономического роста при критически низком уровне развития институтов ИС. Выявленная институциональная проблема интерпретирована через систему устойчивых разрывов между уровнями управления. Результаты исследования служат основой для формирования дорожной карты региональной политики, нацеленной на синхронизацию макроэкономической динамики с развитием инновационной системы через поэтапное устранение институциональных проблем.