Введение. Пациенты с тяжелыми формами COVID-19 имеют высокий риск развития бактериальных суперинфекций, диагностика которых представляет сложности в связи с недостаточной чувствительностью культуральных методов исследования. Метод секвенирования следующего поколения (NGS) позволяет идентифицировать все бактерии в образце по их таксономической классификации.
Цель. Изучить бактериальный состав крови пациентов с тяжелым течением SARS-CoV-2 и у здоровых людей с использованием ампликонов гена 16S рРНК.
Материалы и методы. В рамках проспективного исследования проведено изучение микробиома крови (метагеномное секвенирование 16S рРНК) у 10 пациентов с тяжелой формой COVID-19 (сред. возраст 69,5 года), а также 10 здоровых добровольцев (средний возраст 57 лет).
Результаты. Доминирующими филами в микробиоме крови и у больных, и у здоровых людей являлись Proteobacteria, Actinobacteriota, Firmicutes и Bacteroidota. У здоровых преобладали бактерии из филы Firmicutes, у больных значительную долю занимали Bacteroidota (p>0,05). У пациентов с COVID-19 обнаружено более 100 различных таксонов бактерий, среди которых наиболее часто встречались Corynebacterium, Bacteroides, Prevotella и представители родов Paracoccus и Haemophilus. У здоровых лиц обнаружено 42 таксона, доминировали представители семейства Lachnospiraceae, рода Bacteroides, Ruminococcaceae, Prevotella, Corynebacterium. Уникальными для микробиома крови пациентов с COVID-19 являлись бактерии Paraprevotella, Bifi dobacteria, Faecalibacterium, Serratia, Campylobacter hominis, являющиеся типичными представителями кишечной микробиоты. Биоразнообразие в крови здоровых людей было выше, чем у пациентов с COVID-19 (средние значения индекса Шеннона – 6,2 и 4,9 соответственно, р=0,02).
Заключение. Выявлены различия в составе микробиома крови у здоровых людей и пациентов с тяжелой формой COVID-19, что может быть связано соответственно с физиологической и патологической транслокацией бактерий кишечного и другого происхождения.