В статье рассматривается современная космомикрофизика в аспекте методологии научно-исследовательских программ (НИП) Имре Лакатоса. Анализ проводится посредством выявления актуальных противоречий и вопросов, требующих философского и научно-теоретического осмысления. Авторы формулируют картину современной исследовательской программы в области космомикрофизики, включающую жесткое ядро, а также положительную и отрицательную эвристику, составляющую защитный пояс, как это предусмотрено критериями Лакатоса. Обращается внимание на то, что современная физика сталкивается с рядом парадоксов, включая давно известные и новые аномалии. Для их объяснения необходимы универсальные принципы, которые смогут систематизировать космологические данные и укрепить теоретические модели.