В настоящей статье исследуется проблемные аспекты контроля поступления таможенных платежей в федеральный бюджет РФ. Автором представлен анализ структуры доходов от таможенных платежей в бюджетную систему РФ. Выделены основные направления деятельности таможенных органов в части администрирования доходов от таможенных платежей. В направлении планирования и прогнозирования доходов от таможенных платежей основной проблемой указана несовершенность используемых методик планирования доходов и несогласованность межведомственного взаимодействия ведомств. В направлении контрольной деятельности таможенных органов за полнотой и своевременностью поступления таможенных платежей определены проблемы: занижение или завышение таможенной стоимости, неправильная классификация товаров по ТН ВЭД ЕАЭС, экономически необоснованное предоставление тарифных льгот, быстрота и эффективность проведения таможенной экспертизы. На основании анализа судебной практики показано, как меняются «предпочтения» таможенных органов по включению дополнительных начислений в таможенную стоимость. Определены направления совершенствования таможенного регулирования