Внедрение молекулярно-генетических методов, таких как ISSR-анализ, является актуальной задачей для оценки генетического разнообразия вегетативно размножаемых растений, в том числе эфиромасличной розы, что представляет собой важный аспект выведения сортов с улучшенными признаками. Цель исследований – подобрать наиболее эффективные и информативные ISSR-маркеры для молекулярно-генетического анализа образцов коллекции эфиромасличной розы Института сельского хозяйства Крыма. Исследование проведено в 2025 г. на образцах из коллекции НИИСХ Крыма. Выделение ДНК выполняли оптимизированным CTAB-методом. Из 33 первоначально апробированных ISSR-праймеров из разных литературных источников 10 были отобраны для дальнейшего анализа. Амплифицированные фрагменты разделяли методом электрофореза в агарозном геле. Информативность маркеров оценивали по комплексу параметров: процент полиморфизма, полиморфное информационное содержание (PIC), эффективное мультиплексное отношение (EMR), маркерный индекс (MI) и разрешающая способность (Rp). Отобранные 10 маркеров позволили выявить 108 фрагментов (длина 240–1930 п. н.), из которых 103 (95,4 %) оказались полиморфными. Наиболее полиморфными (100 %) были маркеры ISSR-834, ISSR-845, ISSR-881, UBC-824, UBC-834, UBC-848. Показатель PIC варьировал от 0,20 (ISSR-845) до 0,32 (ISSR-4). Маркер ISSR-2 продемонстрировал максимальную комплексную эффективность: EMR = 13,07, MI = 4,05, Rp = 17,00 при уровне полиморфизма 93 % и PIC = 0,31. Высокую эффективность также показали маркеры ISSR-834, ISSR-881, UBC-824, UBC-848. Наименее эффективными оказались ISSR-845 (PIC = 0,20, EMR = 7,00, MI = 1,43) и UBC-847 (полиморфизм = 83 %, PIC = 0,26, MI = 2,15). Для молекулярно-генетического анализа коллекции крымской эфиромасличной розы рекомендованы высокоэффективные ISSR-маркеры: ISSR-2, ISSR-834, ISSR-881, UBC-824 и UBC-848. Маркеры ISSR-845 и UBC-847 обладают ограниченной информативностью, но могут быть использованы в комбинации с другими.