В статье предложен интегративный подход к исследованию самоорганизационного поведения малых и средних предприятий на основе синтеза теории экономических ценозов, концепции стратегической финансовой неустойчивости и эконофизических методов анализа. Актуальность такого синтеза обусловлена вызовами современной экономики: институциональной волатильностью, усложнением адаптивных стратегий МСП и ограниченностью традиционных инструментов анализа. В работе раскрыта методологическая основа объединения ценологического анализа, статистики Цаллиса и парадоксальных моделей предпринимательского поведения. На основе статистики МСП Ростовской области демонстрируется применение эконофизического подхода для выявления механизмов концентрации ресурсов и бифуркационных переходов в предпринимательских экосистемах региона. Показано, что интеграция описанных подходов позволяет обосновывать адресные меры поддержки, строить прогностические модели устойчивости популяции МСП и диагностировать ранние признаки системных кризисов. Полученные результаты расширяют возможности научного анализа и управления устойчивым развитием предпринимательских систем в условиях высокой неопределенности.