В статье реконструируется эволюция ницшевской интерпретации феномена науки. Прослеживается движение от критики теоретического оптимизма у раннего Ницше, к трактовке науки как самосознания антропоморфии во вторую эпоху творчества, наконец, к «генеалогии» науки третьей эпохи. Существенное внимание уделяется образу «человека науки», рассматриваемого в качестве концептуального персонажа, и роли феномена интеллектуальной совести в ницшевской «философии науки». Анализируются ключевые мотивы, которые трансформируясь, сохраняются во всех трех трактовках: с разных концептуальных позиций наука противопоставляется искусству, и, в то же время, предстает как его модус. Акцентируется преемственность двух версий философии науки, классической новоевропейской и ницшевской: метафизика субъективности и трансцендентализм раскрываются в качестве философской предпосылки «генеалогии» науки. Обосновывается тезис о том, что подход философа к исследованию научного познания, при всем его радикальном феноменализме, является, по существу, трансцендентальным. Рефлексия по поводу феномена науки рассматривается как важный момент предпринятой Ницше деструкции классической метафизики; его неклассическая «философия науки» предвосхищает ключевые темы современной философии науки.