В статье рассматривается проблема становления современной системы духовного образования в процессе поэтапного реформирования с учетом реалий отечественной образовательной системы, особенностей церковно-государственных отношений в сфере образования. Выделяется два этапа реформ: первый - институциональный - с конца 80-х и до 2008 года; второй - интеграционный - с 2009 по настоящее время. Первый этап характеризуется формированием законодательной базы, государственной и церковной, развитием духовного образования как образовательной системы, количественным ростом духовных учебных заведений. Второй этап - интеграционный - процессом интеграции системы духовного образования в систему отечественного образования, закрепленным ст. 87 ФЗ № 273 от 29 декабря 2012 года «Об образовании в Российской Федерации». Интеграция сопровождается качественными изменениями структуры, методик преподавания, процедур оценки качества образования и профессиональной деятельности профессорско-преподавательского состава духовных образовательных организаций. Итогом реформирования стало формирование целостной системы церковного образования. Методы исследования - логические (анализ, синтез, обобщение, сравнение).