В последние три десятилетия в мировой научной литературе произошел существенный рост числа публикаций, посвященных библиометрическому анализу и картографированию библиографических данных об исследованиях по всем наукам, в том числе по экономике и менеджменту. Изучение этих работ показывает, что в них делается упор на анализ публикационной активности и лексико-терминологический анализ с акцентом на авторство, источники, цитируемость и т. п. Вместе с тем не реализованы возможности поиска новых направлений исследований на пересечениях категорий предметных классификаций. Это побудило авторов статьи разработать и многократно опробовать общую методологию системно-инновационного библиометрического анализа и картографирования научной литературы СИБАКНЛ, для которой имеется аргументированная предметная классификация и достаточно развитая электронная база данных источников. В предлагаемой статье по принципу «от простого к сложному» описана общая схема этой методологии, показаны варианты ее применения на трех версиях классификации JEL за 1886–1920 гг. и на классификации ASJC и данных системы Scopus издательства Elsevier. Возможности картографирования проиллюстрированы на примерах таблиц межпредметных взаимосвязей публикаций и построения частотных кластерных таблиц и карт взаимосвязей терминов из названий и рефератов предметных категорий при помощи программы VOSviewer. Кратко освещен многолетний опыт применения созданных методов и полученных результатов в высшем образовании и научных экономических исследованиях. Важным моментом является детализация проблем с разными видами публикаций и базами данных, которые усиливают неопределенность результатов библиометрического анализа. Главный результат – на основе развития идей В. В. Леонтьева впервые в мире удалось построить динамические таблицы межпредметных взаимосвязей и показать возможности их использования для оценки новых направлений исследований в экономической и других науках.