Экономика России, отвечая на внешние вызовы и угрозы, претерпевает крупные изменения, связанные в первую очередь с диверсификацией, реструктуризацией, цифровизацией производственных систем, формулированием стратегических целей и приоритетов развития на всех уровнях государственного управления. Для адекватного реагирования на перечисленные изменения особое значение приобретает научное обоснование институциональной системы регионального и муниципального управления, базирующейся на усилении роли институтов государственного стратегического планирования в развитии экономики регионов и современных информационных технологиях. Целью исследования является обоснование целостной институциональной системы управления стратегическим развитием региона и его муниципальных образований. Основные задачи включают оценку современного состояния исследований институциональных проблем регионального управления, анализ действующей системы управления региональным развитием и выявление проблем, которые система управления не в состоянии решить или решает неэффективно, оценку роли институциональной системы управления в реализации стратегических направлений социально-экономического развития региона, разработку рекомендаций по совершенствованию институциональной системы управления развитием региона. В статье проводится анализ институциональной структуры управления пространственным развитием субъекта РФ, анализ функций, полномочий, схем и процедур практической деятельности региональных органов власти с позиции обеспечения единства и взаимосвязи между региональным и муниципальным уровнями управления. Предложены методологические подходы к обоснованию институциональной системы регионального управления, обеспечивающей комплексное социально-экономическое развитие регионов. Охарактеризованы особенности, структура и содержание институциональной системы управления социально-экономическим развитием региона. В результате анализа и обобщения организационных аспектов деятельности государственных и муниципальных органов управления выявлены особенности и проблемы развития институциональной структуры управления, предложены направления формирования новой системы управления региональным и муниципальным развитием, а также основные элементы механизма управления в новых условиях социально-экономического развития Российской Федерации. Обосновано, что одним из главных направлений реформирования является усиление роли институтов государственного стратегического планирования в развитии экономики регионов и муниципальных образований. Исследование проводится на базе субъектов Федерации и муниципальных образований и может представлять практический интерес для органов регионального и муниципального управления. Кроме того, исследование может служить основой развития методологических и методических аспектов регионального управления в Российской Федерации.