В статье приводятся основные вывода автора о необходимости использования метода системного анализа в построении и функционировании системы регионального управления, автор доказывает актуальность проведения научных исследований в области развития системного анализа и использования их результатов в теории и практике регионального управления. В статье раскрывается поэтапный процесс реализации метода системного анализа и его информационное обеспечение, а также возможные типы неопределённости, которые необходимо учитывать при совершенствовании системы регионального управления. В статье изложены выводы автора о необходимости выделения подсистем в системе регионального управления для применения инструментов системного анализа, а также теоретическое обоснование применения экспертных оценок, как инструмента системного анализа, в совершенствовании системы регионального управления.