Микробные сообщества относятся к постоянным компонентам водных биоценозов любого водоема. Обладая широким диапазоном адаптационных возможностей, бактериоценозы способны быстро реагировать на смену экологических условий, в полной мере отражая функционирование экосистемы населяемого ими водоема. Оценить состояние гетеротрофного бактериоценоза и качество природных вод можно как по показателям общей численности бактериопланктона, так и по соотношению численности составляющих его бактериальных групп. Методы. Использованы стандартные микробиологические методы исследований: учет общей численности бактерий проводился методом эпифлуоресцентной микроскопии, численности эколого-физиологических групп – методом предельных разведений на жидких элективных средах. Результаты. Представлены данные по динамике микробных сообществ в условиях активной хозяйственной деятельности в акватории Северного Каспия, в районе месторождения им. В. Филановского, в рамках экологического мониторинга. Анализ временной динамики состояния гетеротрофного бактериопланктона и бактериобентоса выявил изменение рассматриваемых показателей в сезонном аспекте: их увеличение осенью обусловлено в большей степени процессами взмучивания донных отложений, особенностями метаболизма изученных групп гетеротрофов, а также гидрологическими и температурными факторами.