В статье предложен подход к анализу пространственной организации системы высшего образования страны. Методологической основой исследования стала теория структурного функционализма. Для решения поставленных исследовательских задач применялись методы сравнительно-исторического и экономико-статистического анализа, а также метод экспресс-опроса. В ходе исследования охарактеризована специфика российской системы моногородов, обоснована роль моногорода как неотъемлемого, объективно обусловленного элемента системы расселения. Выявлены структурно-функциональные изменения российской системы высшего образования, которые существенно ограничивают возможности сохранения вузов и/или их филиалов в моногородах. Доказано, что функции вуза в моногороде носят многогранный, комплексный характер и не ограничиваются только сферой образования. Но несмотря на это сжатие системы высшего образования в моногородах существенно опережает общенациональную динамику. Результаты проведённого анализа свидетельствуют о том, что сохранение тренда на усиление территориальной концентрации системы высшего образования страны будет способствовать появлению комплекса негативных эффектов, оказывающих деструктивное воздействие на национальную систему расселения, обеспечение непрерывности функционирования сложных цепочек создания стоимости, социальную стабильность местных сообществ в моногородах. Сделан вывод о необходимости комплексных решений относительно развития высшего образования в моногородах, интегрирующих как общенациональные механизмы достижения национальных целей, так и инструментарий региональной, промышленной, образовательной, корпоративной политики.