Электронное здравоохранение представляет собой распределённую систему, включающую федеральные, региональные, локальные и индивидуальные уровни взаимодействия. Наибольший практический интерес с точки зрения анализа информационной безопасности представляет региональный уровень, так как именно здесь происходит сопряжение федеральных компонентов с локальными медицинскими информационными системами и осуществляется обмен данными между учреждениями. Цель исследования – построение модели угроз информационной безопасности для регионального уровня системы электронного здравоохранения с учётом его архитектурных и функциональных особенностей. Методологической основой исследования выступили структурное моделирование и анализ потоков медицинской информации, классификация угроз по источникам и объектам воздействия, а также сопоставление с актуальными нормативными требованиями ФСТЭК России и ФСБ России в области защиты критической информационной инфраструктуры. Результаты исследования заключаются в разработке модели угроз для регионального сегмента электронного здравоохранения. В модели выделены угрозы, связанные с нарушением целостности и доступности при межсистемном взаимодействии, ошибками администрирования, недостаточной сегментацией сетей и компрометацией каналов связи. Вывод исследования заключается в том, что региональный уровень является наиболее уязвимым звеном электронного здравоохранения, для защиты которого требуется комплексная система мер, включающая криптографическую защиту каналов, надёжное разграничение доступа, централизованный мониторинг событий безопасности и применение методов обнаружения инцидентов.