В статье решается сложная задача - разработка методику прогнозирования социально-экономического развития территорий, недавно присоединенных к России. Основная сложность заключалась в практически полном отсутствии достоверных статистических данных за предыдущие периоды, что делало традиционные подходы к прогнозированию малоприменимыми. В ходе работы был подобран комплекс математических методов, адаптированных под специфику новых регионов. Был использован регрессионный анализ с введением экспертных поправок, методы нечеткой логики для обработки качественных оценок, а также модели системной динамики. Такой подход позволил объединить точные расчеты с экспертными мнениями, что особенно важно в условиях недостатка информации. Для наполнения моделей использовались различные источники: официальные статистические сводки, данные социологических исследований, действующие нормативно-правовые документы. Разработанная схема прогнозного комплекса прошла практическую проверку и показала хорошие результаты. Полученные разработки представляют практический интерес для органов власти, поскольку дают в руки управленцев рабочий инструмент для стратегического планирования, оценки эффективности региональных программ и снижения рисков в процессе интеграции новых территорий.