Статья посвящена исследованию правового регулирования государственного управления высшим образованием в период интеграционных процессов, происходящих в присоединяемых субъектах Российской Федерации. Проанализированы законодательные и нормативные правовые акты, регламентирующие присоединение новых субъектов Российской Федерации в части интеграции систем высшего образования. Особое внимание уделено правовому статусу региональных органов государственного управления образованием и правовому регулированию их участия в управлении интеграционными процессами. С использованием общенаучных методов анализа, синтеза, сравнения и частнонаучного формально-юридического метода выявлены особенности административно-правового регулирования деятельности федеральных и региональных государственных органов, реализующих функции государственного управления в сфере высшего образования в переходный период интеграции, а также предложены меры по совершенствованию законодательства об образовании.