Гаплогруппы Y-хромосомы (передаются по мужской линии) C2, O и D принято называть монгольскими. У казахов Казахстана 40–52 % носителей гаплогруппы C2, 8 % — O и до 1 % — D. Всего монгольских гаплогрупп у казахов — 49–60 %. По наличию указанных показателей казахи практически не отличаются от калмыков. В гаплогруппе C2 выделено четыре субклада: C2a1a2a-M48(×M504) доминирует у калмыков; C2a1a2b-M48(M504) по частоте у калмаков (джунгары), C2b-F1067 «Халха» доминирует у монголов-халха, и C2-Y10418 «Авары» этнически не идентифицирован. Калмыки и калмаки (джунгары) — монголы-ойраты. Такое распределение частот субкладов позволяет рассмотреть этническую идентификацию казахов, носителей гаплогруппы C2. Нами рассмотрен 21 массив данных популяционной генетики (число тестированных — 6484), характеризующих казахов по регионам проживания, жузам и родам. В этногенез казахов Старшего жуза определяющий вклад внесли калмаки, Младшего — калмыки. Их вклад в генетический портрет родов Среднего жуза дифференцированный. Монголов-халха на территории формирования этноса казахов (восточная часть улуса Джучи и северная часть улуса Чигатая) не имелось. Частоты субклада «Халха» у казахов — на уровне его частот у калмыков. Исключение составляют казахи Туркестанской области, у которых 20 % носителей субклада «Халха». Главный механизм формирования этноса казахов — социальный. Первоначально Казацкие орды формировались так же, как и в Восточной Европе — из отдельных людей, вышедших из разных социальных систем. Позднее отдельные рода ойратов переходили в казацкие орды из жесткой феодальной структуры Калмыцкого и Джунгарского ханств. Второй по значимости механизм — создание совокупности шежире как национального мифа казахов.
Известны две крупные миграции монголов за пределы территории Монголии. Первая — в процессе монгольских завоеваний XIII в. Вторая — переход монголов-ойратов из Западной Монголии в Синьцзян, Семиречье и Северный Прикаспий в первой половине XVII в. с формированием Джунгарского и Калмыцкого ханств. Была также и миграция калмаков (джунгар) с территории Джунгарского ханства в другие регионы после его разгрома Китаем в 1755-59 гг. В рамках популяционной генетики у монголов выделяют две субпопуляции: монголы-ойраты и монголы-халха (западные и восточные монголы). В первой миграции участвовали обе субпопуляции, во второй и третьей — только монголы-ойраты. По частотам у субпопуляций доминируют разные субклады гаплогруппы Y-хромосомы С. Исходя из данного факта в статье поставлена задача раздельного поиска генетических следов миграции моголов в XIII в., а также миграций ойратов в XVII и XVIII вв. в генофонде популяций Восточной Европы и регионов Азии. Субклады гаплогруппы C выделены в Дереве YTree: C-Y11591 «Сунгирь», C-K281 «Костёнки», C-M8574 «Не идентифицированный», C-Y10418 «Авары», C-M48 «Калмыки», C-M504 «Хазарейцы» и C-F1067 «Монголы-халха (?)». В исследовании рассмотрена их этногеография. Субклады «Калмыки» и «Хазарейцы» являются ойратскими. Субклад «Монголы-халха (?)» предположительно относится к монголам-халха. Выявлены генетические следы переселения монголов-ойратов в XVII и XVIII вв. у татар Татарстана, Томской, Нижегородской и Рязанской областей. Татары, носители гаплогруппы C, являются их потомками.