Статья посвящена исследованию теоретико-методологических подходов к управлению межотраслевыми взаимодействиями в агропродовольственном комплексе как важнейшего элемента обеспечения продовольственной безопасности. В основе исследования лежит системный подход, который рассматривает агропродовольственный комплекс как сложную социо-эколого-экономическую систему, интегрирующую взаимосвязанные отрасли: от производства сельскохозяйственного сырья до конечного потребления продовольствия. Определено, что устойчивость и эффективность агропродовольственного комплекса в значительной степени зависят от согласованности горизонтальных и вертикальных типов взаимосвязей между его структурными элементами. Основное внимание в статье уделяется исследованию факторов внутренней и внешней среды, влияющих на сбалансированность межотраслевых связей, включая экономические, технологические, институциональные, экологические и социальные аспекты функционирования АПК. Значительное место отведено роли государственного регулирования в минимизации дисбалансов и адаптации агропродовольственного комплекса к современным вызовам, таким как климатические изменения, геополитическая нестабильность и технологическая зависимость критически важных отраслей. Обосновано, что экономический рост и повышение конкурентоспособности отечественного агропродовольственного комплекса требуют применения комплексного подхода к управлению межотраслевыми взаимодействиями, сочетающего меры экономической поддержки, нормативно-правового регулирования и стимулирования инновационного развития.