В научной статье представлены результаты исследования актуальных проблем, возникающих в процессе применения программно-целевых методов в управлении развитием образования регионов России (на примере Челябинской области). Рассмотрены основные задачи и цели, которые стоят перед органами управления сферы образования Челябинской области при реализации программно-целевого подхода. Определены факторы и причины, которые приводят к возникновению актуальных проблем применения программно-целевых методов в управлении развитием образования в Челябинской области. В заключении статьи установлено, что из-за проблемы применения программно-целевого подхода к управлению деятельностью органов государственного управления Челябинской области в сфере образования снижается эффективность реализации целевых интересов и приоритетов развития образовательных организаций в регионе на современном этапе.