Рассматривается новый методологический подход к охране природы, основанный на сохранении структуры исходного природного ландшафта, отражении ландшафтного разнообразия, сохранении средообразующих и средовосстанавливающих функций ландшафтов и их генетического кода. Дано определение структуры особо охраняемых природных территорий. Показано, что структура природоохранных объектов региона должна отражать ландшафтную структуру на уровне ландшафтных зон, поясов, ярусов, местностей, включая количественные и качественные характеристики, а также систему вещественно-энергетических связей. Для территории Равнинного Крыма дан количественный и качественный анализ соотношений существующей системы охраны природы и ландшафтной структуры гидроморфного и плакорного ландшафтных уровней, а также зон, поясов, ярусов и местностей. Выявлены качественные и количественные диспропорции в организации системы охраны природы. Четырнадцать видов ландшафтных местностей и один ландшафтный пояс Равнинного Крыма не вошли в систему природоохранных объектов. Чем ниже уровень пространственно-временной организации ландшафтов, тем больше проявление диспропорций в организации охраны природы.