Функции по обеспечению экологической безопасности Российской Федерации возложены на государственные органы власти, к таковым можно отнести и таможенные органы. В частности, товары и транспортные средства, перемещаемые через таможенную границу, могут нести на себе различные виды биоагентов, которые могут оказать негативное влияние на экологическую безопасность территории России. В этой связи роль таможенных органов является значимой в рамках обеспечения экологической безопасности. Научная статья раскрывает правовое регулирование деятельности таможенных органов в обеспечении экологической безопасности. Авторы пришли к выводу, что законодательным недостатком является недооценка роли таможенных органов как субъекта охраны окружающей среды. В статье сформулированы и обоснованы возможные пути совершенствования правового регулирования статуса и совершенствования деятельности таможенных органов для более эффективного обеспечения экологической безопасности.