В данной статье рассмотрены различные аспекты развития систем взаимодействия субъектов предпринимательства в нефтегазовом комплексе в ракурсе угроз и поддержания экономической безопасности отраслевого предпринимательства. В результате проведенного исследования рассмотрена эволюция систем взаимодействия субъектов предпринимательства в отечественной экономике. Определено, что процессы формирования систем взаимодействия субъектов предпринимательства в отечественной практике в значительной степени имели антикризисный характер. С точки зрения проблем экономической безопасности промышленного предпринимательства в нефтегазовом комплексе актуализируются вопросы формирования и функционирования систем взаимодействия субъектов предпринимательства. Предложена концептуальная экономико-математическая модель формирования и развития нелегальной системы взаимодействия субъектов предпринимательства в нефтегазовом комплексе, которая может быть использована в деятельности органов государственного регулирования отрасли и в работе правоохранительных органов в области противодействия нелегальному предпринимательству в нефтегазовом комплексе и обеспечения его устойчивого развития.